Бх экзамен. 1. Напишите структурную формулу тетрапептида следующего строения Глиалапролей Напишите структурную формулу тетрапептида следующего строения Илейвалпроглу
 Скачать 2.42 Mb.
|
|
1. Напишите структурную формулу тетрапептида следующего строения: Гли-ала-про-лей: 2. Напишите структурную формулу тетрапептида следующего строения: Илей-вал-про-глу: 3. Напишите структурную формулу тетрапептида следующего строения:Асп-про-асн-глн: 4. Напишите структурную формулу тетрапептида следующего строения: Сер-тре-мет-цис: 5. Напишите структурную формулу тетрапептида следующего строения: Фен-тир-три-гис: 6. Определение первичной структуры белка. Первичная структура — генетически детерминированная последовательность аминокислотных остатков в полипептидной цепи. 7. Вторичная структура белка. Вторичная структура — локальное упорядочивание фрагмента полипептидной цепи, стабилизированное водородными связями . Ниже приведены самые распространённые типы вторичной структуры белков [19] : α-спирали — плотные витки вокруг длинной оси молекулы, один виток составляют 3,6 аминокислотных остатка, и шаг спирали составляет 0,54 нм [21] (на один аминокислотный остаток приходится 0,15 нм), спираль стабилизирована водородными связями между H и O пептидных групп, отстоящих друг от друга на 4 звена. Хотя α-спираль может быть как левозакрученной, так и правозакрученной, в белках преобладает правозакрученная. Спираль нарушают электростатические взаимодействия глутаминовой кислоты , лизина , аргинина . Расположенные близко друг к другу остатки аспарагина , серина , треонина и лейцина могут стерически мешать образованию спирали, остатки пролина вызывают изгиб цепи и тоже нарушают α-спирали; β-листы структуры ( складчатые слои ) — несколько зигзагообразных полипептидных цепей, в которых водородные связи образуются между относительно удалёнными друг от друга (0,34 нм на аминокислотный остаток [22] ) в первичной структуре аминокислотами или разными цепями белка, а не близко расположенными, как имеет место в α-спирали. Эти цепи обычно направлены N-концами в противоположные стороны (антипараллельная ориентация). Для образования β- листов важны небольшие размеры боковых групп аминокислот, преобладают обычно глицин и аланин ; 8. третичная структура белка. Третичная структура — пространственное строение полипептидной цепи. Структурно состоит из элементов вторичной структуры, стабилизированных различными типами взаимодействий, в которых гидрофобные взаимодействия играют важнейшую роль. В стабилизации третичной структуры принимают участие: ковалентные связи (между двумя остатками цистеина — дисульфидные мостики ); ионные связи между противоположно заряженными боковыми группами аминокислотных остатков;водородные связи; гидрофобные взаимодействия. При взаимодействии с окружающими молекулами воды белковая молекула сворачивается так, чтобы неполярные боковые группы аминокислот оказались изолированы от водного раствора; на поверхности молекулы оказываются полярные гидрофильные боковые группы. 9. Четвертичная структура белка. Четвертичная структура (или субъединичная, доменная ) — взаимное расположение нескольких полипептидных цепей в составе единого белкового комплекса. Белковые молекулы, входящие в состав белка с четвертичной структурой, образуются на рибосомах по отдельности и лишь после окончания синтеза образуют общую надмолекулярную структуру. В состав белка с четвертичной структурой могут входить как идентичные, так и различающиеся полипептидные цепочки. В стабилизации четвертичной структуры принимают участие те же типы взаимодействий, что и в стабилизации третичной. Надмолекулярные белковые комплексы могут состоять из десятков молекул. 10. Почему для белков характерна конформационная лабильность. Потому что пространственная структура белка фиксирована, преимущественно, слабыми взаимодействиями. 11.Почему многие лек. в-ва. Взаимодействуют с определенными белками организма. Потому что они являются структурными аналогами природных лигандов. 12. Почему при определенных условиях возможна ренативация денатурированного белка. Потому что конформация пептидной цепи определяется его первичной структурой. 13. Определение денатурации белка. Изменение конформации белка, сопровождающееся потерей его биологической активностью. 14. Почему процесс самообработки протомеров в олигомерном белке характеризуется высокой специфичностью. Потому что узнавание протомеров происходит благодаря наличию комплементарных поверхностей. 15. Что представляет собой центр узнавания белка лигандом Участок белка комплементарный лиганду 16. Структурный компонент полипептидной цепи, определяемый по сине фиолетовому окрашиванию при реакции с нингидрином. α-аминокислота 17. Структурный компонент полипептидной цепи, определяемый с помощью биуретовой реакции. Пептидная связь 18.Эффект Бора Повышение снабжения тканей кислородом в случаях, когда двуокись углерода и ионы водорода сдвигают кривую диссоциации оксигемоглобина. Эффект Бора. Сдвиг кривой диссоциации оксигемоглобина в ответ на повышение содержания двуокиси углерода и ионов водорода в крови имеет существенное влияние, выражающееся в ускорении высвобождения кислорода из крови в тканях и увеличении оксигенации крови в легких. Это называют эффектом Бора и объясняют его следующим образом. 19. Строение, место синтеза и функции 2,3-бифосфоглицерата Синтезируется в эритроцитах, как побочный продукт гликолиза. CH2(P)-CHO(P)-COOH. БФГ присоединяясь к гемоглобину, снижает его сродство к кислороду. 20. Структурное отличие Hbs от Hb A В молекуле первого ионогенная аминокислота глутамат в 6 м положении заменена на валин, содержащий гидрофобный материал. 21. Что представляют собой таллассемии Наследственные заболевания , обусловленные отсутствием или снижением скоростей синтеза α или β–цепей гемоглобина. 22. Назовите 5 основных классов иммуноглобулинов. Напишите формулы. Классы: IgC, IgA, IgM, IgD, IgE. Формулы: γ2L2, α2L2, (α2L2)51, S2K2, E2L2 23. Принцип метода высаливания белков. Метод основан на способности белков осаждаться при различной степени насыщения раствора белков сульфатом аммония, а так же солями щелочных и щелочноземельных металлов. 24. Принцип метода диализа белков. Принцип основан на неспособности белков проходить через полунепроницаемую мембрану, в то время как низкомолекулярные вещества могут проходить через нее. Применяется для очистки от низкомолекулярных соединений. 25. Принцип гель-фильтрации белков. Метод основан на различии в размерах молекул белков. Применяется для разделения белков , определения их молекулярной массы и очистки от низкомолекулярных соединений. 26. Принцип метода ультрацентрафугирования. Метод основан на зависимости скорости седиментации молекул под действием их центробежной силы и их молекулярной ассы. 27. Принцип метода монообменной хроматографии. Метод основан на взаимодействии заряженных групп белка с ионными группами полимеров- ионообменников. 28. Принцип метода электрофореза. Метод основан на различии в скорости движения белков по заряду и молекулярной массе. 29. Принцип метода афинной хроматографии. Метод основан на связывании белка специфическим лигандом, ковалентно присоединённым к нерастворимому полимеру. 30. Назовите белки организмов, имеющие сходное строение и выполняющие одинаковые функции. Гомологичные белки 31. Особый класс белков, обладающий инфекционными свойствами. Попадая в организм человека или спонтанно возникая в нем , они способны они способны вызывать тяжелые неизлечимые заболевания CNS Прионы 32. Белки , участвующие в формировании трехмерной структуры полипептидной цепи. Шапероны-60 33. Повторяющиеся, близкие по структуре, стабильные участки полипептидной цепи, конформация которых мало изменяется при модификации других участков цепи. Домен. 34. Какое физиологическое значение имеет тот факт, что HbF плода обладает более высоким сродством к О 2 , чем HbA матери (учитывая, что кровь матери и плода не смешивается) Обеспечивает переход кислорода от Hb матери к Hb плода. 35. Дайте определение понятиям «лиганд» и «комплементарность» Лиганд- это молекула, связывающаяся с белком. Комплементарность- это химические и пространственное соответствие взаимодействующих молекул. 36. Участки полипептидных цепей иммуноглобулинов, существенно не отличающиеся от аминокислотной последовательности у иммуноглобулинов, синтезируемых различными клонами лимфоцитов Константные участки. 37. Участки полипептидных цепей иммуноглобулинов, резко отличающиеся по аминокислотной последовательности у иммуноглобулинов, синтезирующихся различными клонами лимфоцитов Вариабельные участки. 38. Белки и гликопротеиды, способные специфически взаимодействовать с углеводными компонентами макромолекул и клеточных структур Лектины. 39. Видоспецифические белки, вырабатываемые лимфоцитами и макрофагами, подавляющие репликацию вирусов в клетках Интерфероны. 40. Напишите схему фенилтиогидантоинового метода Эдмана определения N-концевой аминокислоты. Фенилизотионционат + полипептид –фенилтиокарбомаилпептид + Hcl – фенилтиогидантоиновое производное + полипептид, укороченный на 1 АК 41. Напишите схему гидразинового метода Акабори определения С-концевой аминокислоты Полипептид + гидразин – аминоацингидрозины + С-концевая аминокислота 42. Количество мкмоль субстрата, преобразуемое препаратом фермента в течение 1 мин, в расчете на 1 мг белка при стандартных условиях Удельная активность фермента. 43. Что такое константа Михаэлиса (К m ) Кинетическая константа фермента, численно равная концентрации субстрата, при которой скорость реакции равна половине максимальной. 44. Формула, выражающая зависимость между скоростью ферментативной реакции (V), концентрацией субстрата ([S]),максимальной скоростью ферментативного процесса (V max ) и константой Михаэлиса (K m ) V=Vmax*[S]/Km+[S] 45. Молярная активность (число оборотов фермента) Количество молекул субстрата, которое превращается в продукт реакции в единицу времени при полном насыщении фермента субстратом. 46. Множественные формы фермента, катализирующие одну и ту же реакцию, но отличающиеся по ряду физико-химических свойств Изоферменты. 47. Опишите этапы механизма действия ферментов E+S, ES,ES`,EP,E+P. 1 этап- образование фермент-субстратного комплекса. 2этап- изменение субстрата, делающего его более доступным для соответствующей химической реакции. 3этап- химическая реакция с образованием нестабильного комплекса фермент-продукт. 4этап-распад комплекса. 48. Принципиальное отличие ферментативной кинетики от кинетики химических реакций in vitro Явление насыщения фермента субстратом. 49. Кислотно-основной ферментативный катализ Концепция кислотно-основного катализа обусловлена тем, что остатки АК, входящие в состав активного центра, имеют функциональные группы, проявляющие свойства как кислоты( доноры протонов), так и оснований( акцепторы протонов). В первую очередь это Цис, Тир, Сер, Лиз, Глу,Асп, Гис. Примером является окисление этанола АДГ печени. 50. Ковалентный ферментативный катализ Ковалентный катализ основан на атаке нуклеофильных или электрофильных групп активного центра фермента молекулами субстрата с формированием ковалентной связи между субстратоми и коэффициентом или функциональной группой аминокислотного остатка активного центра фермента. Пример действие» сериновых» протеаз( трипсин, тромбин и др.) 51. Почему для характеристики ферментативного процесса было введено понятие о константе Михаэлиса? Процесс биокатализа можно описать уравнением( E+S ---двусторонняя стрелка, над ней К1 и ES, под К2---К3---стрелка в право и над ней E+P). Из него видно , что ES распадается как в лево , так и в право, то есть добавляется 1 реакция. Поэтому была введена Км, представляющая соотношение констант скоростей всех трех реакций. ( Км=К2+К3/К1) 52. Типы метаболических путей (схема, название, пример) А→В→С→Д→Е- линейный(пример-гликолиз), разветвленный( синтез нуклеотидов), Циклический ( незамкнутое кольцо от А до G)(ЦТК, синтез мочевины), спиральный( от А до С вниз, и там стрелки в разные стороны к Е и Д)( в-окисление ЖК) 53. Ключевые (регуляторные) ферменты метаболических путей Это ферменты которые катализируют:1) начальные реакции метаболических путей, 2) необратимые реакции, 3) скорость-лимитирующие реакции, 4) реакции в месте переключения метаболического пути(точки вставления). 54. Субстратная специфичность ферментов (абсолютная, групповая, стереоспецифичность), приведите примеры уравнений реакцийАктивный центр ферментов, обладающих абсолютной специфичностью, комплементарен только одному субстраты(Аргиназа, уреаза), 2) групповой субстратной специфичностью обладает большинство ферментов. Они катализируют однотипные реакции с небольшим количеством групповой структурно похожих субстратов( лиазы, протеазы), 3) стереоспецифичность проявляется при наличии у субстрата нескольких стереоизомеров. Фермент катализ только один из них. 55. Каталитическая специфичность ферментов Каталитической активностью обладают ферменты, которые катализируют превращение одного и того же субстрата по одному из возможных потей его превращения с образованием разных продуктов. Например, глю-6-фосфат в 4х ферментах образовавших 4 разных продукта. 56. Вид ингибирования, при котором K m не изменяется, а максимальная скорость реакции уменьшается Неконкурентное ингибирование 57. Вид ингибирования, при котором K m уменьшается, а максимальная скорость реакции не изменяется Конкурентное ингибирование. 58. Вид ингибирования, которое можно снять повышением концентрации субстрата Конкурентное ингибирование. 59. Вид ингибирования, которое нельзя снять повышением концентрации субстрата Неконкурентное ингибирование. 60. Класс ферментов, переносящих электроны и протоны Оксидоредуктазы 61. Класс ферментов, катализирующих синтез сложных соединений из более простых Лигазы. 62. Класс ферментов, расщепляющих связи органических соединений при участии воды Гидролазы. 63. Класс ферментов, расщепляющих связи органических соединений без участия молекул воды с образованием низкомолекулярных продуктов (СО 2 , NН 3 , Н 2 О) Лиазы. 64. Ферменты, катализирующие расщепление молекул органических соединений с присоединением к образовавшимсяфрагментам остатков фосфорной кислоты Фосфорилазы. 65. Ферменты, катализирующие фосфорилирование органических соединений Киназы. 66. Ферменты, активность которых изменяется при нековалентном (редко ковалентном) специфическом связывании молекул или ионов не в активном, а в другом участке Аллостерический фермент. 67. Ферменты, присутствующие в клетках в постоянном количестве, независимо от концентрации в них субстрата Конститутивные ферменты. 68. Ферменты, вырабатывающиеся клеткой только после накопления в ней субстрата Индуцибельные ферменты. 69. Надмолекулярные комплексы, в состав которых входят не субъединицы, а разные ферменты, катализирующие последовательные ступени превращения субстрата. Физиологическое значение, примеры Мультиферменты. Субстрат как бы передается от одного фермента к другому. Это резко увеличивает скорость его превращения в конечный продукт. Пример- пируватдегидрогеназный и а-Кгдегидрогеназный комплекс. 70. Каким образом, используя кинетические методы, можно выделить аллостерические ферменты Эти ферменты не подчиняются законам михаэлиса-Ментен и имеют характерную S-образную зависимость скорости реакции, от концентрации субстратов. 71. Чем обусловлена субстратная специфичность ферментов Комплементарностью активного центра субстрату. 72. Рассчитайте удельную активность фермента, если за 15 сек 1 мг фермента при оптимальных условиях превращает 20 ммоль ПВК =80 мкмоль S*мин -1 *мг -1 73 . Рассчитайте удельную активность фермента, если за 20 сек в результате реакции с участием 1 мг фермента при оптимальных условиях получается 25 ммоль ЩУК =75 мкмоль S*мин -1 *мг -1 74.Рассчитайте удельную активность фермента, если за 30 сек 1 мг фермента при оптимальных условиях инкубации превращает 50 ммоль ПВК мкмоль S*мин -1 *мг -1 75. 0,05 мг трипсина за 15 мин образуют 100 мкмоль тирозина при оптимальных условиях инкубации. Рассчитайте удельную активность трипсина мкмоль P*мин -1 *мг -1 76. 5 мг фермента ЛДГ за 30 мин катализируют превращение ПВК с образованием 20 мкмоль лактата. Рассчитайте удельную активность фермента А уд= мкмоль P*мин -1 *мг -1 77. 1 мг фермента сукцинатдегидрогеназы за 5 мин катализирует окисление янтарной кислоты с образованием10 мкмоль фумарата при оптимальных условиях. Рассчитайте удельную активность фермента А уд = мкмоль P*мин -1 *мг -1 78. Липаза в жировой ткани может находиться в двух формах с различной активности в виде простого белка или фосфопротеина. Объясните, каким путем происходит переход одной формы в другую. Почему этот переход сопровождается изменением активности? Изменение конформации и активация при фосфорилировании. |