Аналіз нуклеотидних послідовностей проводили в програмі BioEdit. Аналіз повних послідовностей генів g ізолятуpvt09B типу в мпв птиці
 Скачать 61.5 Kb.
|
|
Аналіз нуклеотидних послідовностей проводили в програмі BioEdit, версія 7.0.5.3. Побудова дендрограмм проводили з допомогою алгоритму Neighbor-Joining пакета програм MEGA, версія 4.0. Для філогенетичного аналізу варіабельного гена G ізолятів вірусу підтипу В - 361 н. (Нуклеотиди 47-407 ОРС гена G). Під час аналізу нуклеотидних послідовностей консервативного гена N МПВ птиці підтипів А і В використовували фрагмент 719 н. (Нуклеотиди 37-755 ОРС гена N). Виявлений нами ізолят МПВ птиці мав відмінності від вакцинних штамів 8544 ти А, PL-21 тип В та 1062 тип В. На підставі проведених досліджень в суспензії внутрішніх органів індиків (трахея, легені) виявлено вірус, який відносився до підтипу В роду Metapneumovirus, підродини Рneumovirinae, родини Paramyxoviridae, порядку Mononegavirales. Рівень відмінностей нуклеотидних послідовностей фрагментів генів G і N ізолятів МПВ птиці типу В порівняно з опублікованими в GenBank послідовностями вірусу становив 0,3-6,7% і 0,5-3,4%, відповідно. Ізоляту надано назву штам «PVT-09/B» типу В, який був генетично споріднений з бразильським штамам пневмовірусу (aMPV chicken B Brazil 27A-072007 та MPV/B/Brazil-07/USP-08 G), прабатьком якого міг бути вакцинний штам європейського походження. Аналіз повних послідовностей генів G ізоляту«PVT-09/B» типу В МПВ птиці. Гени G кодують поверхневі глікопротеїни вірусу,є його головними антигенними детермінантами. Ген N кодує внутрішній консервативний білок вірусу - нуклеопротеїн. Філогенетичні відносини ізоляту «PVT-09/B» МПВ птиці був подібними при аналізі послідовностей всіх двох генів G, N вірусу. Рівень відмінностей нуклеотидних послідовностей повних генів G, N ізолятів МПВ птиці між собою і від опублікованих в GenBank послідовностей склав 0,3-6,7% і 0,5-3,4%, відповідно.  Рис. 3.24. Дендрограмма, що відображає відмінності нуклеотидної послідовності фрагмента гена G штаму PVT-09 / B від послідовностей штамів і ізолятів МПВ птиці підтипу В |