Now Docker container for pyTanFinder is available

• Название: Now Docker container for pyTanFinder is available
• Дата: 12.01.2021
• Размер: 18.57 Kb.
• Имя файла: pipeline for pyTanFinder 041220.docx
• Тип: Документы; #167460

• 
  now Docker container for pyTanFinder is available ( Linux only! ). Thus itis much easy to run it now without installation of any dependencies!
  
• 
  To run pyTanFinder via Docker:
  
  1. 
     Install Docker
     

Нужно установить программу Docker на сервер, когда придет сервер сделать это и записать как

2. 
   Obtain copy of pyTanFinder image docker pull ilyakirov/pytanfinder2
   

эта команда скачает докер-контейнер (все программы со всеми связями необходимые для работы с pyTanFinder)

3. 
   Go to the directory with your fasta file
   

Войти в папку, где лежит файл Фаста с которым мы будем работать (папка на сервере, предварительно закачать туда этот файл)

4. 
   Command to run docker docker run --name ptf1 -v $("pwd"):/data ilyakirov/pytanfinder2 /data/
   

перед этим написать nohup чтобы можно было разрывать соединение управляющий ноутбук- сервер

вместо ptf1 написали can , каждый новый запуск нужно писать новое имя, так нужно для работы докера. Старые имена как-то нужно удалять потом, по-хорошему, но Илья пока ни разу не удалял.

$("pwd"):/data позволяет текущую папку, в которой мы находимся, прописать в папку data, и дальше докер работает с папкой data.

1. 
   Some explantaions (for example your fasta file name is sequence.fasta ): docker run --name ptf1 -v $("pwd"):/data ilyakirov/pytanfinder2 /data/sequence.fasta
   

в нашем случае команда выглядела так nohup docker run --name can -v $("pwd"):/data ilyakirov/pytanfinder2 /data/GCF_900626175.1_cs10_genomic.fna

GCF_900626175.1_cs10_genomic.fna – то наш фаста-файл со сборкой конопли

лучше еще добавить префикс can – тогда в фаста-файле сиквенсы будут с этим префиксом

команда будет выглядеть так :

nohup docker run --name can -v $("pwd"):/data ilyakirov/pytanfinder2 -px can /data/GCF_900626175.1_cs10_genomic.fna

2. 
   This command will mount your current repository ( $("pwd") ) to the Docker container folder /data .
   
3. 
   When you run container it will now see your files in the current folder but the path to the files will be /data/ e.g. /data/sequence.fasta in the example above.
   
4. 
   If you need to add some pyTanFinder arguments (e.g. prefix 'lu') you should add them in the following way (actually it is a normal way:)) docker run --name ptf1 -v $("pwd"):/data ilyakirov/pytanfinder2 -px lu /data/sequence.fasta
   
5. 
   After this step the pyTanFinder will start to work. BUT! in the end you will NOT see any output files because they are insight of the container. So, you need to copy them to your folder on the computer. It can be the following command (coping in the current directory): docker cp ptf1:/src/app/pyTanFinder/out_pyTanFinder .
   

После того как закончит обсчитывать:

команда pwd показывает в какой папке сейчас находишься

перейти в нужную папку на сервере, например туда где лежит изначальный файл фаста. Выгрузить в эту папку результаты из докера следующей командой:

docker cp can:/src/app/pyTanFinder/out_pyTanFinder .

точка в конце – значит в текущую папку. Вместо этого можно прописать адрес.

• 
  After this step the results (out_pyTanFinder folder) will appear in the current folder.
  

В результатах смотреть два файла :

Clustering/ Clustering_BLAST_data_can.html – с графическим отображением кластеров

after_clusterin_summary_can.txt – скопировать весь текст и вставить в Excel, потом графу total abundancy изменить на числовой формат и поменять точки на запятые (или наоборот) – потом ранжировать по убыванию этой графы.

потом сделать BlastN повторов сами на себя, там есть дубли, объединить вручную.