Замонавий биоинформацион маълумотлар базалари аидаги маълумотлар билан танишиш

Название	Замонавий биоинформацион маълумотлар базалари аидаги маълумотлар билан танишиш
Дата	09.02.2021
Размер	54 Kb.
Формат файла
Имя файла	bioinformatika_haqida.doc
Тип	Документы #174986

Замонавий биоинформацион маълумотлар базалари ҳақидаги маълумотлар билан танишиш.

Биоинформатика бу биологик маълумотларни таҳлил қилиш ва бошқаришда компютер технологияларидан фойдаланишни англатади. Биоинформатика асосан геномни тадқиқ этиш, оқсил структураси таҳлили ва тахмин қилиш, оқсилларнинг ўзаро ва бошқа молекулалар билан ўзаро таъсирини таҳлил этиш, эволюция жараёнини моделлаштириш билан шуғулланади.

-биоинформатикада вазифалар алгоритмик яъни кетма – кетликда бажарилади.

-жуда қатта ҳажмдаги маълумотлар билан иш олиб борилади

-биоинформатикани дастурий таъминотдан ажратиб турувчи энг катта фарқ бу – тадқиқотлар ва мақолалардир.

Биоинформатиканинг асосий мақсади – биологик жараёнларни тушунишнинг содда йўлларини излаб топишга кўмаклашиш.

Биоинформатика қуйидаги масалаларни ҳал этишда қўлланилади:

Оқсил ва нуклеин кислоталарни бирламчидан то учламчи структуралари ҳақидаги маълумотларни сақлаш ва бошқариш;
Праймерларни конструксияларини яратиш;
Маълум бир ген махсулотларининг вазифасини тахмин қилиш;
Оқсилларнинг бирламчи структураси хақидаги маълумотлар асосида иккиламчи ва учламчи структурасини айтиб бериш ва моделлаштириш;

_{Биоинформатика қуйидаги йўналишлар ва усуллардан фойдаланади:}

_{1)геном биоинформатикаси-солиштирма геномикада компютер таҳлилининг математик усулларидан фойдаланилади.}

_{2)структур биоинформатика-оқсилларнинг фазовий структурасини аниқловчи алгоритм ва дастурларни ишлаб чиқади}

_{3)ҳисоб усуллари билан мос келувчи стратегияларни тадқиқ этиш ва биологик тизимлардаги мураккаб ахборотларни умумий бошқариш.}

Биоинформатиканинг асосий тадқиқот йўналишлари

А) Генетик кетма -кетликлар таҳлили

Б) Геном аннотатсияси

C) эволютсион биология

Д) Биологик хилма ҳилликни баҳолаш

_{Замонавий биоинформатсион маълумотлар базалари.}

_{Биологик маълумотлар базалари}_{– Маълумотлар базасининг таркибига генлар кетма –кетлиги, матнли тавсифлар, онтологияларнинг белгилари ва классификацияси, ситаталар ва жадвалли маълумотлар киради.}

_{ДНК хамда аминокислоталарни кетма-кетлигини бирламчи структурасини сақловчи энг йирик хазиналари}_{(ЕМБЛ , ГенБанк , ДДБЖ , СWИСС-ПРОТ , ПИР}_{каби ва бошқалар) бевосита текширувлардаги , Интернет тармоғи бўйича маълумотлар базасини автоматлашган тўлдирилувчи системаси ёрдамида қисқа тавсифланган кетма -кетликлар ёрдамида то`лдирилиб борилади.}

ДНК, РНК ва оқсил кетма –кетликларини солиштирувчи уч энг йирик элеcтрон малумотлари базалари:

НCБИ – Информатсион биотехнологлар миллий маркази (Ген банк ва бошқа маълумотлар базаси).
ЕБИ – эвропа биоинформатиклар институти (ЕМБЛ ва бошқа маълумотлар базаси)
ДДБЖ – Япония ДНК электрон маълумотлар базаси

_{НCБИ нинг маълумотлар базасига}_ОМИМ_{(Онлине Мен-делиан Инҳеританcе ин Ман),}_ММДБ_{(Молеcулар Моделинг Датабасе),}_{УниГене}_{(Униқуе Ҳуман Гене Сеқуенcе Cоллеcтион),}_дбЕСТ_{(Датабасе оф эхпрессед Сеқуенcе Тагс - информатсион РНКнинг ДНК-нусхаси),}_дбСТС_{(Датабасе оф Сеқуенcе Таггед Ситес -ДНК кичик фрагментлари) ва}_СНП_{(Сингле Нуcлеотиде Полиморпҳисм - бир нуклеотидли о`згаришлар ёки полиморфизмлар) киритиш мумкин.}

_ЕМБЛ_{- эуропеан Молеcулар Биологй Лабораторй. эвропа Молекуляр Биология Лабораториясининг нуклеотидлар кетма - кетликлари ма`лумотлар базаси ҳисобланади}

_ДДБЖ-_{ДНК нуклеотидлари кетма - кетликлари бо`йича Япониянинг ма`лумотлар базаси ҳисобланади.}

_{Маълумотлар базаларини уларда жойлаштирилган ахборотлар тури ва сифатига қараб қуйидаги гурухларга ажратиш мумкин}

_{Биринчи тур}_{–архив маълумотлар базаси,}_ПДБ_{– оқсилларнинг фазовий структураси ва бошқалар}

_{Иккинчи тур}_{–маълумотлар базаси устидан назоратни амалга оширувчилар, маълумотларнинг ишончлилиги учун ушбу маълумотлар базасининг хўжайинлари жавобгар саналади.}

_{Бу турдаги маълумотлар базасига қуйидагилар киради:}

_{Сwисс- Прот}_{– оқсилларнинг аминокислота кетма –кетлиги тўғрисида маълумотларни сақловчи, юқори сифатли база.}

_КЕГГ_{– метоболизм тўғрисидаги маълумотлар}

_{ФлйБасе}_{– Дро}_{зофилла}_{пашшаси тўғрисидаги маълумотлар}

_CОГ_{– ортологик генлар тўғрисидаги маълумотлар}

_{Уччинчи тур}_{–ишлаб чиқарувчи маълумотлар базалари.}

_СCОП_{– оқсилларнинг структуравий классификатсиясига асосланган маълумотлар базаси (оқсилларнинг структураси тавсифланади)}

_ПФАМ_{– оқсил оилалари бўйича маълумотлар базаси}

_{ГО (Гене Онтологй)}_{– Генлар классификатсияси (бир хил геннинг хар ҳил номланиши ва бир ҳил ном остида хар ҳил генларни тушунмаслик мақсадида умумий атамалар тўпламини яратишга ҳаракат қилади)}

_ПроДом_{– оқсил доменлари}

_{АсМамДБ}_{–сут эмизувчи организмларда алтернатив сплайсинг жараёни билан боғлиқ}

_{НCБИ энтрез}_{– нуклеотид ва аминокислота кетма –кетликлари ва структуралари хақида маълумот олиш имконини беради.}

_Еcоcйc_{– э. Cоли хақида барчаси –генлари, оқсиллар, метаболизм ва бошқалар.}

_{Маълумотларнинг мета базалари}_{Қисқа ҳолда мета базаларни маълумотлар базаси тўғрисидаги маълумотлар базаси деб аташ мумкин.}

_{Бу каби маълумотлар базасига қуйидагилар киради:}

_Ентрез_{(Биотехнология ҳақидаги ахборотнинг миллий маркази)}

_{еуГенес (}_{Индиана Университетига қарашли)}

_{ГенеCардс}_{(Вайтсман Институтига қарашли)}

_СОУРCЕ_{(Стенфорд Университети)}

_мГен_{– жахонга машхур ГенБанк, Рефсеқ, эМБЛ ва ДДБЖ маълумотлар базаларини ўзида тутувчи, фойдаланиш осон ва содда бўлган дастур.}

_{МетаБасе (КОБИC)}_{– биологик маълумотлар базаси тоғрисидаги умумий маълумотлар базаси}

CонсенсусПатҳДБ –_{ўзоро таъсирлар тўғрисидаги молекуляр функсионал маълумотлар базаси, 12 та бошқа маълумотлар базаларидан олинган ахборотларни бирлаштиради.}

_{Ентрез маълумотлар базаси.}_{Бошқа маълумотлар базаси бўйича қидирувни амалга оширувчи энтрез – НCБИ веб сайти орқали тиббиёт билимларига тегишли дискрет малумотлар базаси қидирувини амалга ошириш имконини берувчи кучли, бирлашган қидирув тизими ёки веб-портал ҳисобланади.}

_{еуГенес маълумотлар базаси э}_{укариот организмлар гени ва геном маълумотларига доир ахборотларни ўзида сақловчи маълумотлар базаси хисобланади.}

_{ГенеCардс маълумотлар базаси}_{ГенеCардс –инсон генига доир интегратсияланган маълумотлар базасини излашга мўлжалланган бўлиб, уларнинг қайта тикланиши, шакллантирилиши ва фойдаланувчиларга бор маълумотларни етказилиши ва тахмин қилишни таъминлайди}

_{Биоинформати}_к_{Ҳарвестер (Биоинформатика комбайни)}_{маълумотлар базаси –}_{ген ва ушбу ген кодловчи оқсил тўғрисидаги ахборотлар учун мўлжалланган биоинформатик мета қидирув тизими Карлсруедаги Технологиялар институти томонидан қўллаб қувватланади}

_{МетаБасе маълумотлар базаси –}_{барча биологик маълумотлар базасига доир маълумотлар базаси бўлиб, таркибига хозирги кунда интернет орқали кириш мумкин бўлган барча маълумотлар базаси бўйича ахборотларни сақлайди.}_{CонсенсусПатҳДБ маълумотлар базаси}_{- ўзоро таъсирларнинг молекуляр функсионал маълумотлар базаси бўлиб, оқсилларнинг ўзоро таъсири, сигнал узатилиши, метаболизм ва инсондаги генлар бошқарилувига доир ахборотларни бирлаштиради}