Сейтимова Куралай 3. Практикалы жмыс таырыбы Биоинформатикада белоктарды зерттеуде олданылатын программалар Жмысты масаты
 Скачать 0.51 Mb.
|
|
Практикалық жұмыс тақырыбы:Биоинформатикада белоктарды зерттеуде қолданылатын программалар^ Жұмыстың мақсаты:Белоктарды анықтауда қолданылатын программаларды және әдістерді жұмыс істеу принциптерін талдап көрсету. Теориялық кіріспе: Ақуыз тірі организмнің негізін құрайды, онсыз өмір жоқ. Карл Маркстің пікір бойынша: «Тіршілік — ақуыз заттарының өмір сүру формасы». Ақуыздар органикалық заттар дамуының ең жоғарғы сатысы және жер бетіндегі тіршіліктің негізі, организмнің тірек жүйесі, бұлшықет, жамылғы ұлпалары ақуыздардан құралған. Олар организмде әртүрлі маңызды қызмет атқарады: химиялық реакцияларды жүргізеді, дене мүшелерінің қызметтерін өзара үйлестіреді, аурулармен күреседі, т.б. Ақуыздардың құрамы мен құрылысы өте күрделі. Молекулалық массалары жүздеген мыңнан миллионға дейін жетеді. Олардың құрылымы бұзылса, денатурацияға ұшырап, орга Жұмыстың барысы:БИОИНФОРМАТИКАЛЫҚ ПРОГРАММАЛАР Sequence Manipulation Suite: -Codon Plot -Codon Usage -Pairwise Align Protein -Protein Isoelectric Point -Protein Molecular Weight -Protein Pattern Find -Protein Stats -Color Align Conservation -Color Align Properties (G, A, V, L, I – алифатты; F, Y, W- ароматты; C, M – күкіртті; S, T – оксимоноаминокарбоновые; K, R, H – полярлы +; D, E – зарады -) Jmol – 3Д-құрылымын анықтау Rasmol - 3Д-құрылымын анықтау Mega – филогенетикалық ағаштарды құрастыру Гидропаттілігі коэффициентін анықтау Элонгация жылдамдығының коэффициентін анықтау NCBI - АҚШ-тың Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы 1988 жылдан бастап ол ең ірі биологиялық қор болып табылған. Молекулалық биология, биохимия және генетика болып табылған. NCBI-дың негізгі функциялары. BLAST бағдарлама арқылы гендер мен белоктардың гомологиялық тізбектерді іздеуге болады. Ең бірінші NCBI сайтындағы BLAST бөлімін басу арқылы кіреміз.  SMS- Sequence Manipulation Suite Тізбекті өңдеу жиынтығы-бұл ДНҚ мен ақуыздардың қысқа тізбегін құруға, пішімдеуге және талдауға арналған JavaScript бағдарламаларының жиынтығы. Оны әдетте молекулалық биологтар оқыту үшін, сонымен қатар бағдарламалар мен алгоритмдерді сынау үшін қолданады. Тізбекті өңдеуге арналған жеке жиынтық бағдарламалары туралы қосымша ақпаратты тізбекті өңдеуге арналған жинақ бетінен қараңыз. Сіз өзіңіздің веб-сайтыңыздағы тізбектік манипуляциялар жиынтығын оңай ойната аласыз m немесе оны офлайн режимде қолдана аласыз. Тізбекті өңдеу жиынтығының бұл нұсқасы алдыңғы нұсқаның толық қайта жазылуын білдіреді. Жаңа нұсқа әлдеқайда жылдам және көптеген жаңа мүмкіндіктерге ие. Тізбекті өңдеуге арналған жиынтықтың алдыңғы нұсқасы әлі де қол жетімді. Сұрақтар мен түсініктемелерді мекен-жайға жіберіңіз stothard@ualberta.ca .  Sequence Manipulation Suite программа арқылы белоктын қасиеттерін анықтау SMS бағдарламасында кез-келген белок туралы толық ақпарат алуға болады.Мысал ретінде жұмыс үшін HB1 hemoglobin 1 [ Arabidopsis thaliana (thale cress) ] моделі тандап алынды.Ары қарай әр құралға осы өсімдіктің гемоглобині қойылып отырады. Gene symbol HB1 Gene description hemoglobin 1 Primary source Araport:AT2G16060 Locus tag AT2G16060 Gene type protein coding RNA name hemoglobin 1  Jmol- 3D форматта белоктың макромолекулалардың кеңістіктік құрылымын визуализациялауға арналған компьютерлік бағдарлама ж/е бұл бағдарламаны қондыру үшін java орнату керек. Үш өлшемде молекулалардың құрылымын көруге арналған, оқу мақсаттары үшін де, молекулалық биология, химия және биохимия саласында ғылыми зерттеулер жүргізу үшін де қолданылады. Jmol бағдарламада жұмыс істеу үшін PDB формат қажет.  Қорытынды: Белок- тіршілік үшін ең қажет биоматериал болып табылады.Сол себепті оны жан-жақты зерттеу ғылым алдындағы маңызды мәселелердің бірі. Әсіресе,биоинформатикалық әдістерді пайдалана білу бұл мәселені жеңілдете түседі,өйткені компьтерлік бағдарламалар арқылы кең көлемдегі ақпаратты сақтауға болады. Сұрақтар: 1. Аминқышқылдықтізбектіжәнегомологиялықнуклетидтітабуүшінқандай программаны қолланамыз? 2. Генетикалықақпараттыңреттелуіқандайкезеңдердентұрады? 3. SMSпрограммағаарнайыаминқышқылдықжәненуклеотидттіктізбектерді қай форматтан аламыз? 4. Jmolпрограммаменжұмысістеуүшінқандайформатқолданамыз? 5. Ортақата-бабасыбарәртүрліағзаларарасындағыэволюциялық қатынастарының болуы қалай аталады? |