Ллкд. 1. Общие вопросы биоинформатики Объекты исследования биоинформатики. Выберите один или несколько правильных ответов

• Название: 1. Общие вопросы биоинформатики Объекты исследования биоинформатики. Выберите один или несколько правильных ответов
• Дата: 11.01.2021
• Размер: 0.76 Mb.
• Имя файла: bf_tst-1.doc
• Тип: Документы; #167006
• страница: 1 из 2

Лаборатория биоинформатики Института Фармации и Трансляционной Медицины Тестовые задания для ПА 2016-2017 учебного года. Специальность Фармация, дисциплина «Биоинформатика» (экзамен) 3 курс.

Тема 1. Общие вопросы биоинформатики

1. 
   Объекты исследования биоинформатики. Выберите один или несколько правильных ответов:
   

1. 
   Параметры сердечного ритма и их математическое моделирование
   
2. 
   Последовательности ДНК
   
3. 
   Электрические явления головного мозга
   
4. 
   Последовательности белков
   
5. 
   Компьютерные сети и IT инфраструктура больниц, поликлиник и аптек.
   

1.2. Что относится к задачам биоинформатики. Выберите один или несколько правильных ответов:

1. 
   Изучение и восстановление эволюционных событий, филогения
   
2. 
   Математическое и IT cопровождение работы медико-биологических учреждений
   
3. 
   Изучение информационных полей организма человека
   
4. 
   Структурный и функциональный анализ и аннотация ДНК и белков
   
5. 
   Задачи сборки и аннотации геномов
   

1.3. Методы биоинформатики – это: (Выберите один или несколько правильных ответов)

a. Маршрутизация в сетях TCP\IP

b. Структурное выравнивание

c. Математическое моделирование сигналов коры головного мозга

d. Парное и множественное выравнивание

e. Докинг и скоринг

4. 
   Сколько в двухцепочечной ДНК может быть открытых рамок считывания. Выберите один правильный ответ:
   

1. 
   2.
   
2. 
   3.
   
3. 
   4.
   
4. 
   6.
   
5. 
   8.
   

4. 
   Поиск открытой рамки считывания в последовательности ДНК (выберите один правильный ответ):
   

1. 
   Это поиск старт-кодона и отсутствие стоп-кодона на достаточно протяжённом участке ДНК.
   
2. 
   Это поиск старт-кодона и наличие сайта связывания фактора транскрипции.
   
3. 
   Это поиск стоп-кодона и обратный отсчёт составляющий интрон нуклеотидов.
   
4. 
   Это поиск промотора и отсутствие стоп-кодона на достаточно протяжённом участке ДНК.
   
5. 
   Это поиск генов в геноме.
   

4. 
   NCBI – это (выберите один правильный ответ):
   

1. 
   Национальный Центр Биоинформатических Исследований.
   
2. 
   Новый Центр Биологической Информации.
   
3. 
   Национальный Центр Биотехнологической Информации.
   
4. 
   Некоммерческий Биоинформатический Институт.
   

4. 
   ENTREZ – это (выберите один правильный ответ):
   

1. 
   Это поисковая машина GenBank.
   
2. 
   Это приложение-аналог Vector NTI, распространяемое свободно.
   
3. 
   Это название ежегодной конференции по биоинформатике.
   
4. 
   Это научный журнал по математической биологии, издаваемый во Франции.
   
5. 
   Это поисковая машина NCBI.
   

4. 
   BLAST – это (выберите один правильный ответ):
   

1. 
   Средство нахождения оптимального глобального выравнивания.
   
2. 
   Это набор программ для поиска локального выравнивания.
   
3. 
   Набор программ для структурного выравнивания белков.
   
4. 
   Это база данных локальных выравниваний.
   
5. 
   Это база данных глобальных выравниваний.
   

4. 
   FlyBase – это (выберите один правильный ответ):
   

1. 
   База данных биоразнообразия.
   
2. 
   База данных модельного организма.
   
3. 
   Литературная база данных.
   
4. 
   База данных биомолекул.
   
5. 
   Все вышеперечисленное.
   

Тема 2. Выравнивание последовательностей

1. 
   Виды парного выравнивания. Выберите один или несколько правильных ответов:
   

1. 
   Частичное
   
2. 
   Глобальное
   
3. 
   Усреднённое
   
4. 
   Сравнительное
   
5. 
   Локальное
   

1. 
   Авторы алгоритма парного локального выравнивания. Выберите один или несколько правильных ответов:
   

1. 
   Ф. Сенгер
   

b. Т. Смит

c. Ф. Крик

d. М. Ватерман

3. 
   Назовите цели парного глобального выравнивания последовательностей. Выберите один или несколько правильных ответов:
   

1. 
   Один из этапов множественного выравнивания
   
2. 
   Сравнение аминокислотной и нуклеотидной последовательностей
   
3. 
   Моделирование начального этапа клеточного цикла
   
4. 
   Сравнение гомологичных последовательностей примерно одной длины
   

4. 
   Назовите цели парного локального выравнивания последовательностей. Выберите один или несколько правильных ответов:
   

1. 
   Поиск генов, сигналов
   
2. 
   Сравнение двух метаболических путей
   
3. 
   Расчёт молекулярного веса последовательностей
   
4. 
   Сравнение консервативных участков, активных сайтов.
   

1. 
   Авторы алгоритма парного глобального выравнивания. Выберите один или несколько правильных ответов. Выберите один или несколько правильных ответов:
   

1. 
   Ф. Сенгер
   
2. 
   С. Нидлман
   
3. 
   К. Вунш
   

d. Ф. Розалинд

6. 
   Матрицы сравнения последовательностей PAM. Выберите один или несколько правильных ответов:
   

1. 
   Числа в ячейках – вероятности точечных мутаций аминокислот.
   
2. 
   Чем меньше индекс у матрицы PAM, тем более дистантные в эволюционном плане последовательности можно с её помощью сравнивать.
   
3. 
   Пакет матриц разработан в Массачусетском Технологическом Институте (MIT) в 1987 году.
   
4. 
   PAM100 и BLOSUM100 обычно дают одинаковые результаты на глобулярных белках.
   
5. 
   РАМ матрица симметричная, в то время как частоты мутаций M - нет.
   

1. 
   Матрицы сравнения последовательностей BLOSUM. Выберите один или несколько правильных ответов:
   

1. 
   BLOSUM82 – применяется по умолчанию, так как подходит для большинства эволюционно близких белков.
   
2. 
   Аббревиатура от Block Substitution Matrix.
   
3. 
   Возведение в квадрат даёт матрицу BLOSUM с бóльшим индексом.
   
4. 
   BLOSUM с большим индексом применяется для белков с меньшей эволюционной дистанцией.
   

8. 
   Дана следующая матрица скоринга ДНК:
   

Какова максимально возможная оценка выравнивания AATAAT и AAGG, при условии цены промежутка -5 (выберите один правильный ответ)?

1. 
   22.
   
2. 
   25.
   
3. 
   27.
   
4. 
   29.
   

9. 
   Дана следующая матрица аминокислотных замен:
   

Открытие промежутка – -8. Удлинение промежутка – -1.

Какова стоимость выравнивания (выберите один правильный ответ):

AACDQRST

A-CD-RST

1. 
   13
   
2. 
   16
   
3. 
   17
   
4. 
   21
   
5. 
   26
   

2.10. Примеры локального выравнивания. Выберите один или несколько правильных ответов:

1. 
   Поиск сигналов
   

b. Сравнение двух метаболических путей

c. Сравнение двух последовательностей с высоким значением идентичности.

d. Поиск консервативных участков, активных сайтов

e. Сравнение двух дистантных в эволюционном плане последовательностей
2.11. Редакционное расстояние между двумя последовательностями – это (выберите один правильный ответ):

1. 
   минимальное количество операций вставки, удаления и замены одного символа на другой, необходимых для превращения одной строки в другую.
   
2. 
   число позиций, в которых соответствующие символы двух слов одинаковой длины различны.
   
3. 
   расстояние между двумя точками евклидова пространства, вычисляемое по теореме Пифагора.
   
4. 
   безразмерный показатель, применяемый в биологии для количественного определения степени сходства биологических объектов.
   

12. 
    Расстояние Хэмминга – это (выберите один правильный ответ):
    

1. 
   расстояние между двумя точками евклидова пространства, вычисляемое по теореме Пифагора.
   
2. 
   безразмерный показатель, применяемый в биологии для количественного определения степени сходства биологических объектов.
   
3. 
   минимальное количество операций вставки, удаления и замены одного символа на другой, необходимых для превращения одной строки в другую.
   
4. 
   число позиций, в которых соответствующие символы двух слов одинаковой длины различны.
   

12. 
    Чему равно редакционное расстояние между двумя последовательностями ATATATATAT и TATATATATA (выберите один правильный ответ):
    

1. 
   2
   
2. 
   4
   
3. 
   6
   
4. 
   8
   
5. 
   10
   

12. 
    Чему равно расстояние Хэмминга между двумя последовательностями ATATATATAT и TATATATATA (выберите один правильный ответ):
    

1. 
   2
   
2. 
   4
   
3. 
   6
   
4. 
   8
   
5. 
   10
   

12. 
    Дано: последовательности WATER и WINE. Правила оценки (скоринга): match – 5, mismatch – -5, вставка промежутка (gap insertion) – -1. Постройте правильное выравнивание и определите его оценку (скоринг) (Учитываются все промежутки. Выберите один правильный ответ):
    

1. 
   10
   
2. 
   -5
   
3. 
   0
   
4. 
   -1
   
5. 
   1
   

12. 
    Назовите алгоритмы оптимизации скорости поиска лучшего выравнивания (выберите один или несколько правильных ответов):
    

1. 
   MEGA.
   
2. 
   FASTA.
   
3. 
   BLAST.
   
4. 
   PAUP.
   
5. 
   SCOP2.
   

2.17. Особенностью алгоритма FASTA для ускорения поиска лучшего выравнивания является (выберите один правильный ответ):

1. 
   Для ускорения выравнивание строится по базам с последовательностями белков.
   
2. 
   Ускорение поиска достигается за счёт нахождения в последовательностях HSP (High-scoring Segment Pairs) и последующего их выравнивания по базам данных.
   
3. 
   Ускорение поиска лучшего выравнивания достигается за счёт задействования технологии CUDA и графических процессоров.
   
4. 
   Ускорение поиска лучшего выравнивания достигается за счёт хеширования и сжатия.
   
5. 
   Поиск «слов», участков их совпадений. Затем – обычное динамическое программирование с исключением из поиска областей, где слова не обнаружены.
   

18. 
    Динамическое программирование используется при выравнивании последовательностей. Что это такое (выберите один правильный ответ):
    

1. 
   Это синоним спортивного программирования на время, наподобие олимпиад ACM-IBM.
   
2. 
   Метод разбиения задачи на подзадачи, однократного их решения и затем использования накопленной «коллекции» ответов для нахождения решения исходной задачи.
   
3. 
   Метод использования законов молекулярной динамики при работе с большими данными.
   
4. 
   Метод, используемый в программной реализации расчета динамики жидкостей и газов.
   
5. 
   Все вышеперечисленное.
   

18. 
    Штрафы за вставку промежутка бывают (выберите один или несколько правильных ответов):
    

1. 
   Равномерные.
   
2. 
   Основанные на биологической природе выравниваемых молекул (ДНК или белок).
   
3. 
   Ступенчатые.
   
4. 
   Аффинные.
   
5. 
   Линейные.
   

18. 
    Аффинный штраф – это (i – штраф. Выберите один правильный ответ):
    

1. 
   Открытие промежутка – i, продление промежутка – i/10.
   
2. 
   Открытие промежутка – i, продление промежутка – i/2.
   
3. 
   Открытие промежутка – i, продление промежутка – 2*i.
   
4. 
   Открытие промежутка – i, продление промежутка – столько же.
   
5. 
   Открытие промежутка – i, продление промежутка – -2.
   

6. 
   Все вышеперечисленное.
   

18. 
    Линейный штраф – это (i – штраф. n – количество вставляемых гэпов.Bыберите один правильный ответ):
    

1. 
   Открытие промежутка – i, продление промежутка – i/n.
   
2. 
   Открытие промежутка – i, продление промежутка – i/2n.
   
3. 
   Открытие промежутка – i, продление промежутка – n*i.
   
4. 
   Открытие промежутка – i, продление промежутка – n.
   
5. 
   Открытие промежутка – i, продление промежутка – n+i.
   
6. 
   Все вышеперечисленное.
   

18. 
    Профиль – это (выберите один правильный ответ):
    

1. 
   Матрица частот встречаемости символов в столбцах MSA.
   
2. 
   Матрица частот встречаемости символов в столбцах парного выравнивания.
   
3. 
   Строка из наиболее часто встречаемых символов в столбцах MSA.
   
4. 
   Строка из однобуквенного обозначения аминокислот, соответствующих входной последовательности ДНК.
   
5. 
   Матрица попарных расстояний между последовательностями в MSA.
   

18. 
    Консенсус – это (выберите один правильный ответ):
    

1. 
   Строка, объединяющая sense- и antisense последовательности ДНК в одну длинную последовательность.
   
2. 
   Матрица попарных расстояний между последовательностями в MSA
   
3. 
   Строка из наиболее часто встречаемых символов в столбцах MSA.
   
4. 
   Метрика структурной схожести двух и более молекул белков.
   
5. 
   Матрица частот встречаемости символов в столбцах MSA
   

18. 
    E-value выравнивания - это (выберите один правильный ответ):
    

1. 
   Вероятность найти последовательность для выравнивания с таким же или лучшим весом.
   
2. 
   Количество выравниваний случайных последовательностей из базы данных с имеющейся оценкой MSA (score, S) или более высокой.
   
3. 
   Мера отличия оценки наблюдаемого выравнивания от средней оценки для данной выборки последовательностей.
   
4. 
   Вероятность случайного совпадений символов в столбцах MSA.
   

18. 
    P-value выравнивания - это (выберите один правильный ответ):
    

1. 
   Вероятность найти последовательность для выравнивания с таким же или лучшим весом.
   
2. 
   Количество выравниваний случайных последовательностей из базы данных с имеющейся оценкой MSA (score, S) или более высокой.
   
3. 
   Мера отличия оценки наблюдаемого выравнивания от средней оценки для данной выборки последовательностей.
   
4. 
   Вероятность случайного совпадений символов в столбцах MSA.
   

18. 
    Bootstrap-анализ – это (выберите один или несколько правильных ответов):
    

1. 
   Метод выравнивания последовательностей разной длины.
   
2. 
   Метод проверки достоверности топологии построенного филогенетического дерева.
   
3. 
   Метод проверки гипотезы о том, что оценка выравнивания происходит от композиции, а не от состава в ДНК или белках.
   
4. 
   Метод предварительного отбора последовательностей для MSA с целью построения качественного неукорененного филогенетического дерева.
   

18. 
    Допустим, нам даны 4 последовательности: S1=act, S2=agct, S3=aact и S4=acct. Парные выравнивания этих последовательностей следующие:
    

a-ct

agct
a-ct

aact
a-ct

acct

По ним были построены 2 варианта MSA (в зависимости от параметров\применения алгоритма). Какой из этих вариантов Вы предпочтёте и почему (выберите один правильный ответ)?

Вариант №1 Вариант №2

a-ct a---ct

agct ag--ct

aact a-a-ct

acct a--cct

1. 
   Вариант №2 – в нём нет несовпадающих символов, всё выровнено.
   
2. 
   Вариант №1 – в нём меньше гэпов.
   
3. 
   Вариант №1 – в нём консервативный участок просматривается более явно.
   
4. 
   Вариант №2 – в нём консервативный участок длиннее, чем в варианте №1.
   
5. 
   Оба варианта по стоимости одинаковые. В биологическом плане они равнозначны, можно выбрать любой.
   

18. 
    MSA последовательностей с параметрами по умолчанию (gap penalty -10) выглядит так:
    

AGCT

ACCT

-ACT

AACT

То есть имеется два полных совпадения и один промежуток. Очевидно, что есть лучшее выравнивание с тремя полными совпадениями и одним промежутком. Объясните логику построения этого выравнивания. Как нужно изменить параметры выравнивания для того, чтобы его улучшить (выберите один правильный ответ)?

1. 
   При построении guide tree штраф концевых гэпов был больше, чем гэпов внутри последовательностей. Назначить штраф за концевые гэпы в размере 0,1 от штрафов за гэп в середине последовательности.
   
2. 
   При построении выравнивания к короткой последовательности автоматически добавляются гэпы в начале. Запретить добавление открывающих гэпов.
   
3. 
   Использованное ПО для выравнивания может работать только с последовательностями одинаковой длины и поэтому был добавлен первый гэп. Применить другое ПО для выравнивания.
   
4. 
   Полученное выравнивание – артефакт расчета или неверно применённая матрица замен. Перезапустить выравнивание или применить иную матрицу замен.
   
5. 
   При построении guide tree штраф концевых гэпов был меньше, чем гэпов внутри последовательностей. Ввести запрет на концевые гэпы\назначить для них самый большой среди штрафов.
   

18.