Отличительной функцией ESI является накопление множественных зарядов на единичной анализируемой молекуле в процессе ионизации. Важное применение многозарядности в ESI MS это появление множественных пиков, относящихся к одному аналиту. Позиция каждого пика в масс-спектре (с m/z значениями) определяется за счет массы макромолекулы М и числа накопленных зарядов. Существует несколько различных носителей заряда которые обычно ассоциированы с процессом ESI, наиболее вездесущими являются протоны или щелочные металлы (частично Na+ и К+). Учитывая такую неоднородность в зарядах, накопленных макромолекулярным ионом, его значение m/z обычно можно рассчитать как Где mi это масса, ассоциированная со специфическим носителем и ni это число зарядов этого типа, ассоциированных с макромолекулой. Если заряд по большей части обеспечивается протонирование, тогда вышеизложенное равенство можно упростить как: Масс-спектр даже относительно маленьких белковых ионов типично содержит несколько пиков, отвечающих за разные состояния заряда. Следовательно, рассчет массы М, основанный на серии значений m/z ионных пиков, ответственных за пошаговое увеличение (или уменьшение) зарядных состояний является сверхдетерминированной проблемой. Такие расчеты просты и весьма незамысловаты. Спектральная интерпретация становится немного усложненной, если ESI масс-спектр содержит вклады от нескольких различных аналитов. Множественные деконволюционные процедуры были развиты в адрес этой проблемы, наиболее современные ESI MS системы данных содержат встроенные деконволюционные процедуры. Масс-спектрометрия высокого разрешения обеспечивает альтернативу деконволюции, такое, что зарядное состояние каждого макромолекулярного иона может быть высчитано непосредственно из масс-спектра, основываясь на дистанции между примыкающими пиками. Наиболее усложненные (и наиболее точные) методы масс анализа сложных смесей используют как деконволюционные процедуры, так и измерения высокого разрешения. Присуствие других каналов заряжания маромолекулы (кроме протонирования) обычно ухудшает качество ESI MS данных, как и деконволюционированный спектр, в этом случае содержит артефактные пики (например, это было отмечено для Na+ и K+ аддуктов). Хотя, значительное неудобство само по себе доставляет то, что это обычно приводит к уменьшенному соотношению сигнал/шум, и в некоторых крайних случаях к ухудшению точности масс измерений. Другие типы аддуктов которые встречаются в ESI MS это катионы аммония и другие производные. Аддукты, сформированные за счет ассоциации вездесущих анионов (ацетаты, формиаты и т.д.) с положительно заряженными макромолекулярными видами также весьма распространены. Степень формирования аддуктного иона может часто ограничиваться за счет индуцированной нагреванием десольватации (за счет повышения температуры в ESI интерфейсе) и/или используя аккуратно контролируемую вызываемую столкновениями диссоциацию ковалентных связей, процесс, который будет рассмотрен детально в следующих разделах этой главы. Формирование макромолекулярных ионных видов в отрицательном ионном режиме обычно продолжается за счет депротонирования кислотных групп. Деконволюция отрицательных ионов в ESI масс-спектре относительно проста, несмотря на то, что нужно помнить, что получение негативного заряда за счет биополимеров наиболее часто встречается за счет депротонирования (потери массы), тогда m/z значение пиков белковых ионов будет выглядеть как |