Моделирование белков. Отчет моделирование белков 2. 5 zscore введенной структуры находится за пределами диапазона оценок
 Скачать 0.6 Mb.
|
|
5.1. z-score введенной структуры находится за пределами диапазона оценок  6.1. 1) Судя по графику, можно сделать вывод, что модель качественная и попадает в пределах диапазона оценок, типичных для нативных белков схожего размера  2) Да, положительные участки присутствуют, но их доля не сильно велика  3) Как можно заметить участков в большой энергией (красных) не так много  6.2  6.3.   TM-score = 0.1461 из чего следует, что молекулы случайно выбранные протеины 6.4.   Степень структурного подобия находится в промежутке между 0,5 и 1 (0,534), что предполагает схожесть фолда Так же это видно визуально. Такое различие результатов при использовании TM-score и TM-align вероятно можно объяснить, тем, что TM-score - программа для сравнения двух молекул, при установленном соответствии, схожести остатков. Обычно не используется для сравнения двух белков с разными последовательностями. TM-align - программа структурного выравнивания для сравнения двух белков, последовательности которых могут различаться. И наши последовательности шаблона и полученной модели, конечно тоже имеют различия, что и смутило первый сайт и заставило его усомниться в подобности молекул. Поэтому второй сайт для данных целей скорее более предпочтителен. Исходя из всех полученных данных предиктивная модель алкалинпротеазы не до конца надежна и соответствует экспериментально изученной структуре шаблона. |