Глик Молекулярная биотехнология. Глик Б., Пастернак Дж. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение. Пер с англ. М. Мир, 2002. 589 с
 Скачать 9.74 Mb.
|
|
Комплементарные нуклеотидные последовательности (Complementary base sequences) Полинуклеотидные по- следовательности, которые взаимодействуют между собой в соответствии с правилами спаривания основа- ний: аденин (А) образует пару с тимином (Т) [или ура- цилом (U) в РНК], гуанин (G) - с цитозином (С). Комплементарный гомополи черный «хвост» (Homoporymeric tall) Гомополимер из дезоксирибонуклеозидмонофос- фатов, присоединяемый к З'-ОН-концам обеих цепей фрагмента ДНК с тупыми концами. Создание компле- ментарных «хвостов» [например, poly(A) во встраивае- мом фрагменте ДНК и poly(T) в векторе] позволяет клонировать фрагмент в составе рекомбинантной плазмиды. Комплементация (Complementation) Восстановление фенотипа дикого типа (или близкого к нему фенотипа) при объединении в одной клетке двух ДНК с двумя ре- цессивными мутациями, находящимися в транс-кон- фигурации, Конкатемерные молекулы (Concatemeric molecules) Длинные молекулы ДНК, состоящие из нескольких тандемно повторяющихся единиц. В такой форме на- ходится геном некоторых фагов во время репликации. Константа Мнхаэдиоц Ам (Michaelis constant, Ам ) Кинетический параметр ферментативной реакции, численно равный концентрации субстрата, при кото- рой скорость реакции составляет половину макси- мальной. Характеризует сродство фермента к субстра- ту. Чем ниже Км>тем прочнее связывание между субстратом и ферментом. Константный домен (Constant domain) Неизменная для данного класса иммуноглобулинов часть пол и пептид- ной цепи (легкой или тяжелой). Конститутивный синтез (Constitutive synthesis) Посто- янно происходящий в клетке или целом организме синтез РНК или какого-либо белка. Контнг (Contig) Непрерывный набор клонов, охваты- вающих данную область хромосомы или всю хромо- сому. Контрапсфекция (Contransfection) Введение в одну эу- кариотическую клетку двух разных молекул ДНК, В случае системы экспрессии на основе бакуловирусов — процедура одновременного введения бакуловируса и вектора в клетки насекомых в культуре. Конфирмационный полиморфизм олпоцспочечной ДНК, SSCP (Single-strand conformâtional polymorphism) Раз- личие в конформации одноцепочечных ДНК, отлича- ющихся одна от другой всего одним нуклеотидом. Анализируемые ДНК подвергают денатурации. Дена- турированные цепи принимают разную конформа- иию и при гель-электрофорезе мигрируют с разной скоростью. Копью гати иные плязмидм (Conjugative plasmids) Плаз- миды, способные передаваться от одной клетки другой во время конъюгации. Конъюгация (Conjugation) Форма полового процесса. У бактерий — однонаправленный перенос ДНК из одной контактирующей клетки в другую. Корспрсссор (Corepressor) Небольшая молекула, свя- зываю ищяс и с неактивным репрессором (апорепрессо- ром) с образованием комплекса, присоединяющегося к оператору и блокирующего транскрипцию. Корончатый галл (Oown gall) Опухоль растений, обра- зование которой вызывают бактерии рода Agrohacterium, Короткий концевом повтор, STR (Short tandem repeat) Концевая нуклеотидная последовательность, состоя- щая из ди-, три- или тетрануклеотидных повторяю- щихся элементов, Косегрегацня (Côsegregation) Феномен, состоящий в том, что два признака наследуются совместно, т.е. их гены при крссинговере не разделяются, Космида (Cosmid) Вектор, объединяющий скойства плазмидного нектора и вектора на основе фага λ. Име- ет cos-сайты. Косупрессия (Cosupression) Подавление экспрессии специфического растительного гена при трансформа- ции растения дополнительной копией этого гена, включенной в «смысловой» ориентации. Кофактор (Cofactor) Низкомолекулярное вещество, необходимое для протекания определенной фермента- тивной реакции. Кофермснтяция (Cofermentation) Одновременный рост двух микроорганизмов в одном биореакторе. 552 Словарь терми нов Кроссинговер (Crossing-over) Взаимный обмен участ- ками гомологичных хромосом, основанный на разры- ве-соединении хроматид и приводящий к новой ком- бинации аллелей. Называется также рекомбинацией. Ксенобиотик (Xenoblotic) Соединение, полученное ис- кусственным путем, а не синтезированное живым ор- ганизмом. Ксилема (Xylose) Пятиуглеродный сахар, основной компонент гемииеллюлозы. Культура (Culture) Популяция клеток или микроорга- низмов, выращиваемых в контролируемых условиях in vitro. Культуралышя среда (Culture medium) Твердая или жидкая среда, использующаяся для выращивания мик- роорги-нюмов in vitro. «Кэп» (Сар) Метилированный гуанозин на 5'-конце многих мРНК эукариот. ft,,,, Константа скорости ферментативной реакции. Чем выше эта величина, тем быстрее субстрат превра- щается в продукт. ЛЫ|/АМ Каталитическая эффективность фермента- ru ьшой реакции. Чем она выше, тем быстрее и эффек- тивнее субстрат превращается в продукт, «Левый» элемент оперена (Upstream) Условное назва- ние участка оперона, расположенного перед сайтом инициации транскрипции, в направлении 5' от него. Обычно первое транскрибируемое основание оперона обозначается +1, а все «левые» элементы — цифрами со знаком «—», Лигирование (Liga t ion) Соединение двух молекул ДНК с помощью фосфод и Мирных связей. In vitro катали- зируется ферментом ДНК-лигазой фага Т4. Лигироиание олигонуклеотидных зондов, ЛОЗ (Oligonucleotideligatioii assay) Метод выявления однону- клеотидных замен в гене-мишени с помощью коротких олигонуклеотидов, комплементарных противополож- ным цепям тестируемого отрезка ДНК. Если замена от- сутствует, то оба олигонуклеотида полностью гибриди- зуются с ДНК, и после добавления в реакционную смесь ДНК-лигазы происходит их сшивание (лигирование). В противном случае сшивание оказыва- ется невозможным, Л m моце.илоло.ча (Lignocellulose) Комплекс лигнина, ιемице.шюлозы и целлюлозы, составляющий струк- турный каркас клеточной стенки растений. Лндерная последовательность (Leader sequence) He- транслируемая последовательность мРНК, располо- женная между 5'-концом и инициирующим колоном AUG. Лизис (Lysis) Разрушение клеточных стенок под дей- ствием ферментов, содержащихся в лизосомах, или других агентов, Лизогення (Lysogeny) Интеграция генома бактериофа- га в геном клетки-хозяина. В результате индукции ви- русная ДНК может выщепляться с образованием зре- лых фаговых частиц. Линкер (Linker) Синтетический олигонуклеотид, со- держащий сайт рестрикции. Используется для соеди- нения векторной и клонируемой ДНК, к концам кото- рой по методу сшивания тупых концов присоединены линкеры. Липаза (Llpase) Фермент, расщепляющий липиды, Липкие юнцы (Cohesive ends) Взаимно комплементар- ные одноцепочные участки ДНК, выступающие по кон- цам двухцепочечной молекулы; образуются в результате ступенчатых разрезов двухцепочечных ДНК. Липополисахарид (Lipopolysaccharide) Соединение, со- держащее ли π ид, связанный с полисахаридом. Один из компонентов клеточной стенки бактерий. Лнпосома (Liposome) Пузырек, образуемый одно- или двухслойной мембраной, состоящей излипидных моле- кул. Гидрофобная часть этих молекул обращена внутрь пузырька, гидрофильная - наружу. Внутри пузырька могут находиться нуклеиновые кислоты, лекарственные вещества и т.д., адресно доставляемые липосомой. Литическин цикл (Lytic cycle) Размножение вируса в клетке-хозяине, оканчивающееся лизисом клетки. Локус (Locus) Место на хромосоме, где находится спе- цифический ген. Макромолекула ( Macrom olecule) Полимер с мол. мас- сой от нескольких тысяч до сотен млн. дальтон (белки, нуклеиновые кислоты, полисахариды и т.д.). Макрофаг (Macrophage) Крупный лейкоцит, обладаю- щий способностью к фагоцитозу. Маркерные экспрессируемые последовательности, EST (Expressed sequence tag) Короткие маркерные после- довательности, характерные для каждого экспресси- руемого гена человека. Позволяют изучать размеры, разнообразие и транскрипционную активность экс- прессирующихся генов человека. Словаръ терминов 553 Маркерный ген (Marker gene) Ген с известной хромо- сомной локализацией, имеющий четкое фенотипиче- ское проявление (устойчивость к антибиотику, фер- ментативная активность и т.д.). Маркерный пептид (Marker peptid) Участок гибридной белковой молекулы, облегчающий идентификацию или очистку белка. Матричная РНК, мРНК (Messenger RNA) Молекула РНК, в которой заключена информация об аминокис- лотной последовательности определенной белковой молекулы. Матричная цепь (Template strand) Цепь ДНК или дру- гой полинуклеотид, использующийся ДНК-полимера- зой в качестве матрицы для синтеза комплементарной цепи, Меэофильиые микроорганизмы (Mesophile) Организ- мы, способные расти при температурах от 20 до 50 °С; оптимальная температура роста 37 "С. Меристема (Meristematic tissue) Ткань растений, обла- дающая способностью к активному делению, У моло- дых растений обычно находится у кончиков корней и побегов, Метаболизм (Metabolism) Совокупность физических и химических процессов, протекающих в организме и обеспечивающих его существование. Продукты мета- болизма называются метаболитами. Метаболическая перегрузка (Metatotic load) Наруше- ние метаболизма организма-хозяина в результате вве- дения в его геном и экспрессии чужеродной ДНК, Метилирование (Methylatîon) Присоединение к мак- ромолекуле метильной группы. Например, при мети- лировании ДНК происходит присоединение такой группы к специфическим остаткам цитозина, а иногда аденит. Метка ([.abel) Радиоактивный изотоп или идентифи- цируемр.ш биохимическими либо иммунологическими методами лиганд (например, флуорофор), связываю- щийся с макромолекулой. Позволяет обнаружить ме- ченое вещество в образце. Метод отпечатков (реплик) (Replica plating) Перенос колоний микроорганизмов с одной чашки Петри на другую с помощью бархатной «печатки» с полным со- хранением взаимного расположения колоний. Метод случайных лраймеров (Random primer method) Способ получения меченых ДНК-зондов, основанный на применении синтетических олигонуклеотидов, со- держащих все возможные комбинации из шести нук- леоткдов, и на их гибридизации с денатурированной ДНК-мишенью, Олигонуклеоткды, комплементарные последней, спариваются с ней, В реакционную смесь добавляют все четыре дезоксирибонуклеотида (причем один из них меченый) и фермент, катализирующий синтез фрагментов ДНК с использованием цепей ДНК-мишени в качестве матрицы, а гибридизировав- шихся фрагментов — в качестве затравки, Мнкроинъекцин (MkToinjection) Введение в изолиро- ванную эу к ар йоги ч с ι; кую клетку ДНК или других мо- лекул с помощью тонкой иглы. Мнни-сателлитная ДНК человека (Human minisatellite DNA) Некодирующая ДНК человека, обычно ОС-бо- гатая, содержащая тандемные повторы коротких (дли- ной 9—40 п.п.) сегментов. Миссенс-мутация (Missense mutation) Мутация, в ре- зультате которой кодон, кодирующий какую-либо аминокислоту, изменяется с образованием кодона, ко- дирующего другую аминокислоту, Мицелий (Mycelium) Вегетативное тело гриба, состоя- щее из тонких ветвящихся нитей. Мишень (Target) В самом широком смысле — биоло- гический объект (ткань, молекула, клетка, микроорга- низм), которая интересует исследователя. Мобилизация (Mobilization) Передача от одной бакте- риальной клетки другой хромосомных генов либо не- конъюгативных плазмид с участием конъюгативных плазмид. Мобильный генетический элемент (Transposable element) Участок ДНК, способный изменить свое положение в геноме. Среди таких элементов различают IS-элемен- ты и транспозоны. M олекуляр! ia я диагноста к a (Molecular diagnostic) В ы и - вление молекулярно-биологическими методами пато- генного микроорганизма, специфического вещества или измененной нуклеотидной последовательности, ответственных за то или иное заболевание. Моиоклональные антитела (Monoclonal antibodies) Од- нотипные антитела, строго специфичные в отношении одного эпитопа (антигенной детерминанты). Синтези- руются гибридомами — клеточными гибридами, полу- ченными при слиянии нормальных антителообразую- щих клеток с миеломной опухолевой клеткой, способной к неограниченному росту. Некоторые мие- 5 54 Словарь терминов ломные клетки синтезируют моноклональные тела са- мосгояте л ьно. Мульч и.ткуснан генетическая карта, карта t цен лен им (Multipoint map, multilocus linkage тар) Схема изаимно- го расположения локусов на хромосомах данного орга- низма. Мутагенез (Mutagenesis) Искусственное введение мута- ций с помощью физических или химических агентов. Мутант (Mutant) Организм, измененный в результате мутации; как правило, отличается от исходной формы (дикого типа). Мутация (Mutation) Спонтанное или индуцированное изменение структуры гена. Мутация со сдвигом рамки (Fnuneshift mutation) Мута- ция, связанная с появлением лишнего или с потерей одного или нескольких (в числе, не кратном трем) ну- клеотидов. Приводит к нарушению триплетного кода и синтезу совершенно другого белка (если только синтез вообще не блокируется). Нарушение комплемента риости (Mismatch, mis pa ring) Наличие в двухцепочечной молекуле ДНК одной или нескольких пар некомплементарных оснований. Негативная регуляция (Negative control) Тип регуля- ции, при котором транскрипция гена подавляется ре- гуляторным белком (репрессором); соответственно при инактивации белка-регулятора структурные гены остаются в активном состоянии. Независимое распределение генов (Independent assort- ment) Распределение генов, локализованных на раз- ных хромосомах, по гаплоидным гаметам с образова- нием всех возможных комбинаций генов. Лежит в основе закона Менделя о независимом распределении признаков. Неметаболизирующиеся индукторы (Gratuitous înducers) Вещества, индуцирующие синтез индуцибельных фер- ментов, но не являющиеся для них субстратами, а по- тому остающиеся в исходном виде. Неомицинфосфотрансфераза (TSeuiiiycinphnsphntransfcrase) Фермент, инактииирующий антибиотики неомипип и канамицин. Часто используется как селективный мар- кер для трансгенных растений. Неполная пенетрантность (Incomplete penetranee) Час- тичное проявление конкретного аллеля в группе род- ственных организмов. Характерна для большинства мутантных аллелей. Непрерывная ферментация (Continuous fermentation) Культивирование микроорганизмов при непрерывном добавлении в биореактор среды и выведении такого же объема суспензии. Нозерн-блоттинг (Nothern Hotting) Перенос молекул РНК, подвергнутых элктроферезу, с геля на твердую подложку {нитроцеллюлозный или найлоновый фильтр) с последующей ДНК—P H К-гибридизацией, «Нокаут» (Knockout) Направленное разрушение гена с помощью гомологичной рекомбинации. Нуклеаза SI (SI nudease) Фермент, специфически де- градирующий одноцепочечную ДНК, Нуклеознд (Nucteoside) Пуриновое или пиримидино- вое азотистое основание, ковалентно связанное с пя- тиутлеродным сахаром (пентозой). Если сахаром явля- ется рибоза, то мы имеем дело с рибонуклеозидом, а если дезоксирибоза, то с дезоксирибонуклеозидом. Нуклеотид (Nudeotide) Нуклеозид, к которому присо- единена одна или более фосфатных групп; присоеди- нение происходит по 5'-углеродному атому сахарного кольца. Нуклеозиды, связанные с рибозой, называют- ся рибонуклеозидмонофосфатами (rNMP), рибонук- леозиддифо с фитами (rNDP) или рибонуклеозидтри- фосфатами (rNTlJ). Для нуклеозидов, связанных с дезоксирибозой, соответствующие названия таковы: дезоксирибонуклеозидмоно-, ди- и три фосфаты (dNMP,dNDP,dNTP). N-конец (N terminus) Первая аминокислота (или не- сколько аминокислот) в белковой молекуле. Обратная транскриптаза (Reverse transcriptase) РНК- зависимая ДНК-полимераза, использующая молекулу РНК в качестве матрицы для синтеза комплементар- ной цепи ДНК. Обратная транскрипция—ι юл и неравная ценная реакция (Reverse Ira г se ri ptin n—pol y me rase chain reaction) Способ получения в большом количестве кДНК, состояший из двух этапов. Вначале in vitro синтезируют кДНК, ис- пользуя обратную транскриптазу, мРНК в качестве ма- трицы и oligo(dT) в качестве праймера. Затем кДНК амплифииируют с помощью полимеразной иепной ре- акции (ПЦР), используя два праймера: один компле- ментарен участку первой цепи кДНК, а второй — дру- гой цепи, комплементарной первой, Одноцепочечный разрыв (Nick) Разрыв фосфод и эфир- ной связи между соседними нуклеотидами в одной це- пи ДНК. Словарь терминов 555 Окрашивание по Грану (Gram stain) Метод окрашивания микробиологических препаратов, позволяющий иденти- фицировать две группы бактерий: грамположительные и грамотрицательные. Основан на различии биохимиче- ского состава мембран бактериальных клеток. Олигонуклеотид, олигомер (Oligonuclcotide) Короткий (6—10 нуклеотидов) сегмент одноцепочечной ДНК. Обычно получают химическим путем. Онкоген (Oncogene) Ген, экспрессия которого приво- дит к неконтролируемой пролиферации (трансформа- ции) клеток. Оператор (Operator) Участок ДНК, непосредственно примыкающий к структурному гену и регулирующий его транскрипцию при участии репрессора или актива- тора, Оперон (Оретоп) Участок ДНК, содержащий несколь- ко структурных генов, транскрибируемых с образова- нием одной полицистронной м РНК. Опнн (Opine) Продукт конденсации аминокислоты с кетокислстой и сахаром. Оптимизация кодонов (Codon optimization) Модифика- ция кшонов данного гена без изменения аминокислот- ной последовательности кодируемого им белка, напра- вленная на то чтобы кодоны эффективно считывались хозяйским организмом, Отжиг (Annealing) Процесс образования двухцепочеч- ных молекул (ДНК—ДНК или ДНК—РНК) из одиноч- ных полинуклеотидных комплементарных цепей. Открытая рамка считывания (Open reading frame) Последовательность нуклеотидов, не содержащая терминирующих кодонов; кодирует полипептид или белок. «Отпечаток пальцев» (ΠΝΛ fingerprint) Набор рссгрик- циопных фрагмента u ДНК, характерный для данного индивидуума. Для получения «отпечатка» используют либо гель-электрофорез как таковой, либо в сочетании с ПЦР-амплификацией. Отталкивание (Repulsion) Конфигурация, при которой два мутантных неаллельных гена находятся на разных хромосомах. Аналогично транс-конфигурации. См. также Сопряжение. Пакующая клеточная линия (Packaging eel line) Кле- точная линия, созданная для продуцирования вирус- ных частиц, не содержащих инфекционной нуклеино- вой кислоты. Палиндром (Palindrome) Участок двух цепочечной молекулы ДНК, обе цепи которого обладают одина- ковой нуклеотидной последовательностью при про- читывании от 5'- к 3'- концу. Такие участки часто распознаются рестрицирующими эндонуклеазами типа 11, Параспоральиый кристалл (Parasporal crystal) Плотно упакованные молекулы токсина, синтезируемые Bacillusthurittgiettsisпри образовании спор. 11ассивиый иммунитет (Passive immunity) Форма имму- нитета, возникающая при введении в организм сыво- ротки, содержащей антитела, выработанные другим организмом в результате активной иммунизации. Наб- людается также у новорожденных, Патогенез-зависимый промотор (Pathogènes! s-related promotnr) Промотор растительных генов, активизиру- емый при инфицировании растения патогенами. Пенетрантностъ (Penetrance) Частота проявления дан- ного аллеля в группе родственных организмов. При полной пенетрантности наблюдается проявление ал- леля у всех членов выборки. Пептид (Peptidc) Короткая цепочка аминокислот, со- единенных пептидными связями, Пептидил-тЖ К (Peptirtyl-tKlNA) Молекула тРНК с при- соединенной к ней растущей полипептидной цепью. Пепгвдиая вакцина (Peptide vaccine) Короткая цепочка из аминокислот, индуцирующая образование антител к специфическому инфекционному агенту, Пептидная связь (Peptide bond) Ковалентная связь меж- ду свободной карбоксильной группой при α-углерод- ном атоме одной аминокислоты и свободной карбок- сильной группой при таком же атоме соседней аминокислоты в полипептидной цепи. Первичная культура (Primary culture) Культура клеток или тканей, взятых непосредственно от организма. Первичный гранскрнпт (Primary transcript) Молекула РНК, трапскрибиронанная с нукаритическош струк- турного гена и не подвергшаяся процессингу (т.е. со- держащая все экзоны и интроны). Первое антитело (Primary antibody) Антитело, связыва- ющееся с молекулой-мишенью при проведении имму- нологического анализа (например, с помощью метода ELISA). Периодическая ферментация (Batch fermentation) Куль- тивирование микроорганизмов в течение ограничен- 55с'; Словарь терминов ного интервала времени. Свежую среду инокулируют посевным материалом и проводят культивирование в непрерывном режиме, не добавляя новых порций сре- ды и не удаляя продуктов, пока процесс не завершится сам собой. Периодическая фермеитация с добавлением субстрата (Fed-Batch fermentation) Культинириианис микроорга- низмов в течение ограниченного интервала времени с периодическим добавленим субстрата и сбором продук- та только по завершении процесса, Пернплазматическое пространство (Periplasmatic space) Пространство между плазматической мембраной бак- териальной клетки и наружной мембраной или клеточ- ной стенкой, Пиримидины (PyrimidiiLc) Один из двухтипов азотистых оснований, входящих в состав нуклеиновых кислот, к пиримидинам относятся тимин, цитгаин и урацил. Второй тип оснований — пурины; к ним относятся аде- нин и гуанин. Пироген ло иска. Плазмида (Plasmid) Внехромосомный генетический элемент, способный к длительному автономному су- ществованию и репликации. Обычно этодвухцепочеч- ная кольцевая ДНК длиной 1—200 т.п.н. Плазмнда-помшцник (Helper plasmiri) Плазмида, вос- полняющая функции другой шнимидм в той же клет- ке. Некоторые плазмиды-помощники способствуют переносу неконъюгативных плазмид из донорной клетки в реципиентную. 2 мкм-плазмида (2 μιη plasmid) Существующая в при- родных условиях двухцепочечная кольцевая плазмида длиной 6318 п.н., обнаруженная в ядре Saccharomyces cerevisiae.На ее основе получены многие плазмидные векторы для дрожжевых клеток. Плазмидная несовместимость (Plasmid incompatibility) Механизм регуляции числа копий плазмид одного ти- па в бактериальной клетке. Обеспечивает невозмож- ность внутриклеточного сосуществования плазмид, принадлежащих к одной группе совместимости. Плазмовирус (Plasnrovirus) Генетическая конструкция, которая содержит ретровирусные гены, находящиеся под контролем 5'-LTR-npoMoropa, a также «терапевти- ческий* ген и ген env, управляемые цитомегаловирус- ным промотором. Пластида (Hastid) Органелла растительных клеток (на- пример, хлоропласт). Многие пластиды имеют собст- венный геном. Подвид (Subspescles) Группа в пределах вида, облага- ющая признаками, не характерными для остальной час- ти членов популяции данного вида. Позитивная регуляция (Positive control) Тип регуляции, при котором регулируемый ген транскрибируется только в присутствии белка-активатора. Позитивно-негативный mfiop (Positive-negative selection) Методика, при которой одновременно происходит от- бор клеток, несущих вставку в специфическом хромо- сомном сайте (позитивный отбор), и «отбраковка» кле- ток, несущих вставку в другом, неспецифическом сайте. Позитивный отбор (Positive selection) Отбор клеток по наличию в них маркерного гена, благоприятствующего росту на селективной среде (например, среде с анти- биотиком). Позиционное картирование (Positional gene cloning) Одна из стратегий идентификации гена заболевания в отсутствие данных о продукте этого гена и каких-ли- бо генов-кандидатов. В подобных случаях сначала оп- ределяют хромосомную локализацию (позицию) гена. Затем получают геномные клоны, охватывающие кар- тированный сайт {используя соответствующие марке- ры), идентифицируют и анализируют присутствую- щие в них экзоны. Используя целый ряд методов {идентификация GC-островков, улавливание экзо- нов, секвенирование, компьютерный анализ и тл.), определяют, какой именно ген ответствен за данное заболевание. Позиционно-кавдидатное картирование (Positional-can- didate gene cloning) Одна из стратегий идентификации гена заболевания, когда данные о продукте этого гена отсутствуют, но ген картирован в том же хромосомном районе, что и уже идентифицированные гены и EST. Сначала анализируют современные генетические и транскрипционные карты, с тем чтобы выявить коди- рующие последовательности (гены, внутригенные EST), находящиеся в этом районе, затем с помощью мутационного анализа или какими-либо другими ме- тодами выявляют экзоны, связанные с данным заболе- ванием. Полиадеиилирование (l'olyadcnylation) Ферментатив- ное присоединении остатков аденина к З'-концу моле- кулы эукариотической мРНК. Этот богатый аденином З'-конец называется ро1у(А)-хвостом. Словарь-терминов 557 Поливалентная вакцина (Multivalent vaccine) Вакцина, дающая иммунный ответ на несколько инфекционных агентов или на разные эпитопы одной молекулы. Поликетидсинтаза (Polyketide synthase) Фермент, уча- ствующий в биосинтезе поликетидных антибиотиков. Поликетидные антибиотики (Polyketidc antibiotics) Класс антибиотиков, которые образуются в результате последовательной ферментативной конденсации кар- боновых кислот (ацетата, пропионата и т.д.). Полилинкер для эндонуклеаз; в эти сайты встраивают чужеродную ДНК (осуществляют клонирование). Молимеразнан цепная реакция, ПЦГ (Polymcrase chain reaction) Мстил нмплификнции специфического ее г мента ДНК с помощью термостабильной ДНК-поли- меразы с использованием олигонуклеотидных ДНК- зондов, комплементарных последовательностям противоположных цепей ДНК, фланкирующим амп- лифицируемый сегмент. Процесс состоит из серии циклически повторяющихся реакций: денатурации ДНК, отжига зондов, синтеза ДНК, Полиморфизм длины рестр hi (ионных фрагментов, ПДРФ (Restriction fragment length polymorphism; KFLP) Вариабельность длины фрагментов ДНК, образую- щихся при ее расщеплении рестриктазами. Обуслов- лена мутационным изменением сайтов рестрикции или появлением новых сайтов. Обнаруживается при разделении фрагментов с помошью гель-электрофо- реза. Полиморфизм коротких таидемных повторов, STRP (Short tandem repeat polymorphism) Вариабельность блоков из тандемных ди-, три- или тетрануклеотид- ных повторяющихся элементов по числу этих элемен- тов при частоте встречаемости блоков в большой по- пуляции не менее \%. STRP-локусы выявляют с помощью гель-электрофореза после проведения ПЦР с использованием праймеров, комплементарных уни- кальным последовательностям, фланкирующим дан- ный локус. Полиморфный сайт (Polymorphic site) Участок хромо- сомы, представленный в популяции более чем одним вариантом и встречающийся с частотой не менее 1%. Полинуклеотцд (Polynudeotide) Линейный полимер, со- стоящий из 20 и более нуклеотидов, соединенных друг с другом фосфодиэфирными связями. Полинуклеотида- ми являются, например, молекулы ДНК и РНК. Полипептид (Polypeptide) Линейный полимер, состоя- щий из аминокислот, соединенных друг с другом пеп- тидными связями. Полипептидом является, например, белковая молекула. Полицистронная мРНК (Multigene RNA, polysistronic message) Молекула мРНК, кодирующая более од- ного белка. Образуется при транскрипции двух или более соседних генов, входящих в состав одного оперона. Полиэдрин (Folybedrin) Белок капсида бакуловирусов; накапливается в больших количествах в ядрах пора- женных клеток насекомых. Полное сцепление (Complete linkage) Сонместнос на- следование двух или более соседних генных шжусин и хромосоме. Проявляется отсутствием рекомбинаций между ними и стабильным попаданием в одну гамету при митозе. Посттрансляционные модификации (Posttranslational modifications) Изменение структуры белковых молекул после завершения их синтеза рибосомами. К таким модификациям относятся: фосфорилирование, глико- зилирование, окисление цистеина, отщепление сиг- нальных последовательностей и тл. «Правый» элемент оперона (Downstream) Условное на- звание участка, расположенного после сайта инициа- ции транскрипции, в направлении 3' от него. Праймер (Primer) Короткий олигонуклеотид, который гибридизуется с матрицей и служит затравкой при ее копировании. Прсдранний ген (Immediate-early gene) Фаговый ген, транскрибируемый сразу же после заражения клеток. Его продукт необходим для транскрипции других ге- нов бактериофага — так называемых задержанноран- них и поздних, «Прогулка по хромосоме» (Chromosome walking) Метод идентификации нуклеотидных последовательностей, фланкирующих известные гены, для которых имеются опигонуклеотидные зонды. Фланкирующие последо- вательности используются затем в качестве зондов для идентификации прилегающих к ним последовательно- стей, и т.д. Проект «Геном человека» (Human Genome Project) Международная программа, целью которой является построение генетической и физической карт генома человека и определение полной нуклеотидной после- довательности ДНК. 558 Словарь терминов Прокариоты (Procaryotes) Организмы, у которых нет ограниченных мембранами ядра и органелл. К прока- риотам относятся все бактерии. Промотор (Promoter) Участок молекулы ДНК, с кото- рым связывается РНК-полимераза, что сопровождается инициацией транскрипции соответствующих генов. Обычно находится перед 5'-концом регулируемого гена. Протеиназы, протеолитические ферменты (Protease) Ферменты, расщепляющие пептидные связи в белко- вых молекулах. Протеолиз (Proteolysis) Ферментативное расщепление белков. Протопласт (Protoplast) Бактериальная, дрожжевая или растительная клетка, стенка которой разрушена ферментативным или химическим путем. Профаг (Prophage) ДНКбактериофага, интегрирован- ная в геном бактериальной клетки-хозяина и реплици- рующаяся вместе с ней. Процессинг (Processing) Совокупность процессов об- разования зрелых молекул РНК и белков в клетке, Включает ряд последовательных расщеплений моле- кулы-предшественника эндонуклеазой или протеи- назами. Прочитывание терминатора, сквозное лрочитывание (Readthrough) «Проскакивание» транскрипции через специфический терминатор. Аналогичный термин ис- пользуется и в отношении трансляции. «Прыжки по хромосоме» (Chromosome jumping) Один из вариантов метода «прогулки по хромосоме», характе- ризующийся тем, что в результате мутации маркерный ген, использующийся для скрининга, перемещается (прыгает), что позволяет выявить новые сцепленные с ним гены. Нсихрифилы (Psychrophile) Микроорганизмы, способ- ные расти при температуре 0—5 °С. Пурины (Purine) Один из двух т и пои а:ютистых оси и па- ни и, входящих в состав нуклеиновых кислот; к пуринам относятся вденин и гуанин. Второй тип оснований — пи- римидины; к ним относятся тимин, урацил и цитозин, Psaidommas широко распространенная грамотрица- тельная бактерия. Многие ее виды, обитающие в поч- ве, продуцируют пигмент, флуоресцирующий в УФ- свете. Рамка считывания (Reading frame) Один из трех воз- можных способов считывания нуклеотидной последо- вательности в виде триплетов. Открытая рамка считы- вания не содержит терминирующих колонов и может транслироваться в белок. Расстояние на генетической карте (Map distance) Pat- стояние между двумя генами, определяемое по частоте рекомбинаций на анализируемом участке. За единицу картирования принимают расстояние между генами, вероятность рекомбинации между которыми равна \% (одной сантиморганиде). Реактор с механическим перемешиванием (Stirred tank fermenter) Биореактор, в котором для равномерного распределения газа по всему объему используются ме- шалки. Регуляторный белок (Regulatory protein) Белок, «вклю- чающий» или «выключающий» транскрипцию. Реком&шантнаяДНК(КесотЫпап1В1ЧА) Молекула ДНК, полученная объединением in vitro разнородных, вместе нигде в приропр не существующих, фрагментов ДНК. Рекомбннантная плазмида (Recombinant plasmid) Плаз- мида, измененная методами генной инженерии. Сос- тоит из участков разных плазмид либо содержит сег- менты ДНК других организмов. РекомбинантиыЙ белок (Recombinant protein) Белок, кодируемый клонированной ре комби нантной ДНК, Pc пату рация (Rcnaturation) Воссоединение цепей л ну хне π очечной ДНК, разошедшихся при денатура- ции. Репликативная форма, РФ (Replfcative form) Промежу- точная форма двухцепочечной вирусной нуклеиновой кислоты, служащая матрицей для синтеза ДНК и РНК. Представляет собой релаксированное (открытое) кольцо. Репликация (Replication, reduplication) Процесс само- воспроизведения (синтеза) ДНК. Репликация по типу катящегося кольца (Rolling circle model) Процесс репликации кольцевых молекул ДНК с образованием конкатемерной дуплексной ДНК (ДНК, состоящей из нескольких тандемно повторяю- щихся единиц генома). Репрессия (Repression) Один из двух альтернативных (наряду с индукцией) механизмов регуляции генов. Состоит в подавлении транскрипции или трансляции путем связывания белка-репрессора с оператором. Релрессор (Represser) Белок, связывающийся с опера- тором или промотором данного гена и блокирующий связывание с этими элементами РНК-полимеразы. Словарь терминов 559 Рестрнктаза, рестрицирующая эндонуклеаза (Restriction cndonuclcasc) Бактериальный фермент, расщепляющий двухцепочечную молекулу ДНК в специфических сайтах. Рссгрикционная карга (Restriction map) Диаграмма расположения на молекуле ДНК сайтов узнавания ре- стриктазами. Ретровирусы (Retrovinises) Группа РНК-содержащих ви- русов, содержащих обратную транскритггазу; синтезиро- ванная на РНК-матрице двухцепочечная ДНК может встраиваться в хромосому инфицированной этим виру- сом клетки. Рецессивный аллель (ген) [Recessive alete (gene)] Ал- лель, кодирующий признак, который проявляется только у особей, несущих этот аллель в гомозиготном состоянии. Рибоза (ffibose) Пятиуглеродный моносахарид. Входит в состав РНК. Рибознм (Ribozyme) Молекула РНК, обладающая фер- ментативной активностью. Рибонуклеиновая кислота, РНК (Ribonucleic acid, RNA) Нуклеиновая кислота, состоящая из рибонуклеотидов, у которых сахаром является рибоза, а одним из пири- мидинов — урацил (вместо тимина), Рибосома (RlMttome) Клеточная органелла, рибонук- леопротеидная частица, при участии которой осущест- вляется синтез белка (трансляция). Состоит из двух субчастиц, большой и малой. Рибосомная РНК, рРНК (Ribosomal RNA, rRNA) РНК, входящая в состав рибосом. Гибулозо 1,5 йисфосфат-карбоксилаза (Rjbulozo bis- phosphate carboxylasc) Наиболее распространенный фермент, присутствующий в тканях всех зеленых рас- тений и ответственный за связывание диоксида угле- рода на начальном этапе фотосинтеза. Ризосфера (Rhizosphere) Слой почвы, непосредствен- но примыкающий к корням растений и характеризую- щийся повышенным содержанием микроорганизмов. РНК-полимераза (RNA polymerase, RNA synthetase) Фермент, осуществляющий синтез РНК из рибонукле- озидтрифосфатов. Матрицей может служить ДНК или РНК, соответствующие РНК-полимеразы называют ДНК- или РНК-зависимыми. Rec А Бактериальный белок, участвующий в рекомби- нации и репарации ДНК, Rhlzobium Вездесущие бактерии, обитающие в корнях растений или в примыкающем к ним слое почвы. Сайг встраивания (клонирования) (Cloning site) Специ- фический участок векторной молекулы, к который встраивают фрагмент чужеродной ДНК. Очень часто это уникальный сайт рестрикции. Сайт рестрикции (Restriction site) Нуклеотидная пос- ледовательность в молекуле ДНК, узнаваемая рестри- ктазой. Обычно представляет собой короткий палин- дром. Сайт-специфический мутагенез (Site-specific itiutagene- sis) Внесение in vitro мутации в конкретный сайт кло- нированной последовательности. Позволяет иденти- фицировать функциональные участки в молекулах белков и получать белки с заранее заданными свойст- вами. Иногда называется олигонуклеотид-направлен- ным мутагенезом. Самореплицирующийся элемент (Sdf-replicating element) В нехромосомная молекула нуклеиновой кислоты, способная к независимой от хромосомной ДНК (авто- номной) репликации. Примером такою элемента слу- жит плазмида, Сантиморганида, сМ (Centimorgan) Единица измере- ния расстоянии на генетической карте. 1 сМ соответст- вует расстоянию между генами, рекомбинация между которыми происходит с частотой \%. Для хромосом человека 1 сМ равна примерно 106 п.н. Эта единица была введена Т.Мограном, когда он проводил экспе- рименты по изучению генетического сцепления у Drosophila. Саузери-блоттинг (Southern blotting) Обнаружение спе- цифических нуклеотидных последовательностей путем переноса денатурированных молекул ДНК, подвергну- тых электрофорезу, с агарозного геля на нитроцеллю- лозный или наилоновый фильтр за счет капиллярного эффекта и гибридизации с меченым зондом, компле- ментарным искомой последовательности. Секвенирующий гель (Sequencing gel) Длинная пласти- на полиакриламидного геля, позволяющая проводить электрофоретическое разделение олиго- и полинук- леотидов, различающихся подлине всего на 1 нуклео- тид. Секреция (Secretion) Выведение веществ из клетки во внешнюю среду. Селекция (Selection) i, Наука о методах создания но- вых сортов культурных растений и пород животных. 560 Словарь терминов 2. Отбор нужных организмов (клеток) в смешанной популяции. |