Глик Молекулярная биотехнология. Глик Б., Пастернак Дж. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение. Пер с англ. М. Мир, 2002. 589 с
 Скачать 9.74 Mb.
|
|
СЕРН {Centre d'Etude de Polymorphisme Humain) Центр по изучению поли морфиамн у человека, нахо- дящийся в Париже. Располагает базой данных по ге- нетической и молекулярно-генетической изменчиво- сти популяций человека из большинства регионов земного шара. Серстип (Serotype) Антигенная характеристика клетки (бактерии, клетки крови и т.д.), установленная на ос- нове ее взаимодействия с антителами. Сибсы (Sibses) Прямые потомки одних и тех же роди- телей (братья и/или сестры). Сигма-фактор (Sigma factor) Бактериальный белок, об ус печи паю щи и узнавание ДНК-полимеразой ее уча- стка связывания в молекуле ДНК и инициацию транс- крипции. Сигнал полиадетитрования (Polyadenylation sygnal) Нуклеогидная последователи ι петь, ответственная за окончание транскрипции и детерминирующая фер- ментативное присоединение остатков адеиина к З'-концу молекулы мРНК. Сигнальная последовательность (Signal region, initiator element) Нуклеогидная последовательность в гене, служащая местом связывания белка (фактора транс- крипции), который регулирует транскрипцию. Сигнальный пептид, сигнальная последовательность, лн- дериый пептид (Signal peptirie) N-концевой участок белковой молекулы длиной 15—30 аминокислот, обес- печивающий секрецию белка (перенос через мембра- ну). После секреции этот участок отшепляется от бел- ковой молекулы. Скдерофор (Siderophore) Низкомолекулярное вещест- во, эффективно связывающее железо. Синтезируется многими почвенными микроорганизмами, обеспечи- вая их железом, которое затем поставляется растени- ям, находящимся с этими микроорганизмами в симби- отических отношениях. Симбиоз (Symbiosis) Сосу шествование разных орга- низмов, при котором каждое из них выполняет свои функции, В некоторых случаях взаимовыгодно. Синдром (Syndrome) Совокупность ряда симптомов (признаков), характерных для данного заболевания. Система комплемента (Complement cascade) Серия по- следовательных процессов активации комплемента (сложного белкового комплекса сыворотки крови) и ферментативных реакций, запускаемая в ответ на об- разование комплекса антиген—антитело. Скрещивание (Gross, crossing, mating) Однократное скрещивание генетически различающихся организмов. Скрининг (Screening) Метод (или комплекс методов) идентификации единичного объекта (особи в популя- ции, клетки с искомыми свойствами, участка нуклео- тидной последовательности и т.д.) путем перебора большого числа объектов. Соматическая клетка (Somatic cell) Любая неполовая клетка многоклеточного организма. Сопряжение (Coupling) Конфигурация, при кото- рой две доминантные или две рецессивные формы двух разных генов находятся на одной хромосоме. Аналогично цис-конфигурации. Си. также Оттал- кивание. Сплайсинг (Splicing) Вырезание из предшественника мРНК интронов и кова-'ienTHoe соединение экзонов с образованием зрелых молекул мРНК. Стационарное состояние (Steady state) Состояние не- прерывного процесса ферментации, при котором чис- ло клеток, удаляемых из ферментера и поступающих в него, одинаково, Стволовые клетки (Stem cells) Митотически активные стволовые клетки, в результате деления которых про- исходит замещение погибших клеток в многоклеточ- ном организме. Структурный ген (Structural gene) Ген, кодирующий какой либо белок. Ступенчатый разрыв (Staggered cut) Разрезание двуше- почечной ДНК, при котором разрывы в комплемен- тарных цепях располагаются не строго один напротив другого, а немного смешены. Субклонирование (Subcloning) Перенос части уже кло- нированной молекулы ДНК в другой клонирующий вектор. Субстрат (Substrate) Вещество, превращение которого катализируется специфическим ферментом. Суотплизин (Subtilisin) Протеолетический фермент, синтезируемый клетками Bacillussubstilis. Субьединичная вакцина (Subunit vaccine) Вакцина, со- держащая лишь отдельные компоненты патогенного ми кроорганизма. Словарь терминов 561 Супрессия (Supression) Восстановление утраченной ге- нетической функции, обусловленное подавлением эф- фекта одной мутации под действием второй. Сцепление (Linkage) Взаимосвязанная передача от клет- ки к клетке генов, локализованных на одной хромосоме. CG-островки, HTF-островки (CpG islands, Hpall tiny fragments) CG-богатые последовательности размером до нескольких сотен пар; фланкируют с 5'-конца мно- гие транскрибируемые гены позвоночных и содержат сайты рестрикции для ffpal], Cos-сайты (Cos-sites) Нуклеотилные последователь- ности на концах генома фага λ, необходимые для упа- ковки ДНК в фаговые частицы. Тавдемный повтор (Tandem array) Нуклеотидная пос- ледовательность, состоящая из нескольких одинако- вых элементов, соединенных « голова-к-хвосту». ТАТА-бокс (TATA box) Участок, располагающийся в промоторной области генов эукариот за 25 нуклеотидов до сайта инициации транскрипции, с которым связыва- ется РНК-полимераза. Другое название — бокс Хогнес- са. Аналогом у прокариот служит бокс Прибнова. Т-ДНК (T-DNA) Фрагмент Ti-плазмиды, который встраивается в ядерную ДНК клетки-хозяина и ста- бильно наследуется ею. Вызывает образование опухо- ли у растений (корончатого галла). Тельца включения (Inclusion bodies) Мелкие частицы из кристаллизовавшегося белка, образующегося в из- быточном количестве в бактериальной клетке при за- ражении ее вирусом или при встраивании вирусного генома в ДНК клетки-хозяина. Их наличие свиде- тельствует о патологических изменениях в клетке. Температура плавления, Тт(Melting temperature) Тем- пература, при которой происходит разрыв половины водородных связей в полинуклеотидном дуплекс«. Терминальная трансфера ΐ a (Terminal traiisfcrasc, dcoxynucleotidyl transfcrase) Фермент, ката.11 и пирую- щий присоединение к З'-концу молекулы ДНК дезок- синуклеозидмонофосфатов. Используется для клони- рования кДНК при участии комплементарных гомо пол и мерных «хвостов» [poly (A) — poly (T)J. Терминадия (Termination) Остановка синтеза макро- молекулы. Терминирующий кодом (Terminating codon) Кодон, опре- деляющий окончание (терминацию) синтеза полинук- леотидной цепи. Обычно это кодоны UAA, UAG и UGA, Термофильный (Thermophylic) Характеризует теплолю- бивые организмы, обычно растущие при температуре выше 50 "С. Некоторые термофильные организмы мо- гут расти при температуре от 90 до 100'С. Тимидилатсинтаза (Thymidylate synthase) Фермент, ка- тализирующий метилирование урацила с превращени- ем его втимин. Тимни, Т (Thymîne) Пиримидиновое основание; одно из четырех азотистых оснований, входящих в состав ДНК. Тканевый активатор плазминогеиа (Tissue plasminogen activator) Белок, участвующий в разрушении сгустков крови, Т-клетки (Т cells) Лимфоциты, играющие ключевую роль и иммунном ответе. Ти-лимфоциты, Т-хеллеры (Тн-lymphocytes, helper cells) Т-лимфоциты, играющие основную роль в узнавании чужеродного антигена. Трансгенный организм (Transgenlc organism) Орга- низм, геном которого содержит чужеродный генети- ческий материал, включенный методами генной ин- женерии. Трансгеию (Transgenesis) Введение чужеродного гена в растительную или животную клетку и его передача в ряду поколений, Трансдукция (Transduction) Перенос генетического ма- териала из олной бактериальной клетки в другую с по- мощью бактериофага. Транскрипт (Transcript) Молекула РНК, синтезиро- ванная на специфической ДНК как на матрице. Транскрипционное картирование (Transcription mapping) «Привязка» индинилуальных транскриптон (клином кДНК или экспрессированных последовательностей- мишеней) к хромосомным районам с п«мшц(,ю метода флуоресцентной гибридизации in situ, ИЦР и т.д. Транскрипция (Transcription) Проиесс синтеза РНК, катализируемый РНК-полимеразой, в котором в каче- стве матрицы используется одна из цепей ДНК. Транслокация (Translocation) 1. Хромосомная пере- стройка, заключающаяся в переносе участка хромосо- мы в новое положение на той же или на другой хромо- соме или в переносе целой хромосомы на другую хромосому. 2. Перемещение молекулы мРНК во время трансляции на один кодон. 562 Словарь терминов Трансляция (Translation) Синтез полипептидной цепи рибосомой с использованием в качестве матрицы мРНК. Трансляция in vitro (In vitro translation) Синтез бел- ков, который осуществляется либо на очищенной ДНК с использованием бактериальных экстрактов, либо на мРНК с использованием экстрактов зароды- шей пшеницы или ретикулоиитов кролика. Экстрак- ты содержат рибосомы, тРНК и белковые факторы; в реакционную смесь добавляют также ATP, GTP и аминокислоты. Транспозаза (Transposas*) Фермент, участвующий в транспозиции (перемещении из одного сайта вдругой) некоторых мобильных генетических элементов. Транспозиция (Transposition) Перемещение мобильно- го генетического элемента из одного локуса в другой. Транепозоны (Transposons«) Мобильные генетические элементы, несущие структурные гены, которые детер- минируют функции, не связанные с самим процессом перемещения (например, гены устойчивости к анти- биотикам). Транспортная РНК, тРНК (Transfer RNA) Молекула РНК, выступающая в роли адаптера при специфиче- ском переносе аминокислот к растущей полипептид- ной цепи в процессе трансляции. Трансфекцня (Transfectlon) Искусственное введение в эукариотические клетки изолированных молекул ДНК. Трансформация (Transfonnation) l. Перенос генетической информации в бактериальные клетки с участием плаз- мид или без них, но всегда — без участия вирусов; часто приводит к изменению фенотипа реципиентной клет- ки. 2. Превращение нормальных клеток животных в опухолевые. Трихлоруксусная кислота, ТХУ (TrichloracetJc acid) Ор- ган ическое соединение, часто использующееся для осаждения белков и нуклеиновых кислот. Тупой конец (Blunt end) Конец двухиепочечной моле- кулы ДНК, у которого не выступает ни одна из цепей. Ti-плазмида (Л plasmid) Плазмида почвенной бакте- рии Agrobacteriumtumefaclens,Т-участок которой спо- собен включаться в их ядерную ДНК, что приводит к образованию опухолей. Ту-элемент (Ту dement) Мобильный генетический элемент дрожжей (от англ. Tparnsposon of yeast). Улавливание экзона (Exon trapping) Метод идентифика- ции и клонирования экзонов из геномных клонов. Фраг- менты геномной ДНК (1-6 т.п.н.) встраивают в поли- линкер вектора, расположенный внутри интрона, фланкированного двумя мезонами. Полученным искус- стиенным геном (экзон 1-интрон-экзон 2) трансфици- руют клетки Е.соК,в которых происходит его транскрип- ция и сплайсинг мРНК. Если в интроне присутствует экзон, то зрелая мРНК будет иметь большую длину, чем ожидалось. мРНК можно подвергнуть обратной транс- крипции, провести ПЦР и выделить экзон, Урацил, U (Uracil) Пиримидиновое основание; одно из четырех азотистых оснований, входящих в состав РНК. Устойчивые клеточные линии (Established tell lines) Куль- туры клеток, способные к неограниченному росту in vitro. Получаются из перевиваемых клеточных культур, часть клеток которых приобретают селективные преи- мущества и обладают повышенной скоростью роста. Участки, определяющие комплементарность, CDR (Complementary-determining regions) Гипервариабель- ные области вариабельных участков легкой и тяжелой цепей антитела, образующие антигене вязы вающие иентры молекулы антитела. Фактор транскрипции (Transcription factor) Белок, по- могающий Р11К-полим<;рал: прийти все этапы транс- крипции и обеспечивающий избирательность этого процесса. Феннлкетонурия (ITienyl ketonuria) Наследственное за- болевание, характеризующееся нарушением миелини- зации нервных волокон, снижением количества мела- ноиитов, судорогами, умственной отсталостью и тл. Обусловлено нарушением обмена фен ил алан и на вследствие дефииитафенилаланилгидроксилазы. Нас- ледуется по аутосомно-рецессивному типу. Фенотип (Phenotype) Совокупность всех признаков особи, формирующаяся в процессе взаимодействия ее генотипа и внешней среды. Феноч имическое смешивание (Phciintypic mixing, pseurto- ty ne for πι ati o n) t J G ρ а\ю пи 11 и с пи ρ усн ых ч асти π в ρ езуп ь- тате упаковки генетического материала одного штамма вируса в белковый капсид другого при смешанной ин- фекции. Ферментации (Fermentation) В промышленной микро- биологии — крупномасштабное культивирование мик- роорганизмов в специальных емкостях (ферментерах, биореакторах). Словарь терминов 563 Ферментный нммуносорбентный анализ, E LIS A (Enzyme-linked Immunosorbent assay) Метод обнаруже- ния специфических молекул в образце. Образец фик- сируют на твердой подложке и добавляют антитело, специфичное к маркерной молекуле (первое антите- ло). Несвязавшиеся молекулы первого антитела смы- вают и добавляют второе антитело, специфически связывающееся с первым. Ко второму антителу при- соединен фермент, превращающий неокрашенный субстрат в окрашенный продукт. Добавляют неокра- шенный субстрат и проводят количественное опреде- ление окрашенного продукта. Ферредоксин (Ferredoxin) Железосерный белок, пере- носчик электронов. Фертильность (Fertility) Способность организмов при- носить жизнеспособное потомство. Физическая карта (Physical map) Расположение генов на хромосоме, установленное с помощью различных методов (электронная микроскопия, секвенирование, рестрикциошюе картирование). Расстояние на такой карте измеряется в числе пар нуклеотидов. Фиксация азота (Nitrogen fixation) Превращение атмос- ферного азота в аммиак. Катализируется ферментом нитрогеназой, обнаруженным только у прокариот, Фитогормон (Phytohormone) Вещество, стимулирую- щее рост растений или другие процессы. Примеры: ауксин, цитокинин, этилен и т.д. Фитопатогены (Phytopathogen) Организмы (грибы, бактерии, вирусы), вызывающие заболевания у рас- тений. Флавононды (Flavonoids) Фенольные соединения, синтезируемые растениями. Их структурную основу составляют два ароматических кольца, соединенных трехуглеродным мостиком. Отвечают за пигментацию растений, защищают их στ грибов и насекомых. Флуоресцеин (Fluorescein) Флуоресцирующий краси- тель, часто использующийся в качестве метки для ан- тител. Позволяет визуализировать антитела после их связывания с антигеном. Флуорофор (Fluoropbore) Химическая группа, ответст- венная за флуоресценцию данного соединения, Фосфдиафирная связь (Phosphodiester bond) Связь между фосфатными группами при 3'- и 5'- углерод- ных атомах соседних нуклеотидов одной полинуклео- тидной цепи. Фотосинтез (Photosyntesis) Процесс превращения клетками высших растений энергии видимого света в энергию химических связей, сопровождаемый образо- ванием органических соединений и кислорода из диок- сида углерода и воды. Фрагмент Климова (Kk-miv fragment) Более крупный из двух фрагментов ДНК-полимсразы I E.coli, образую- щийся при ее протеолитическом расщеплении. Сохра- няет полимеразную активность в направлении 5'-»3' и экзонуклеазную - в направлении 3'-»5'. Использует- ся, в частности, при секвенировании ДНК. Фрагментация ДНК (Shearing) Разрыв молекул ДНК под действием гидродинамических сил (например, при пропускании раствора ДНК через иглу шприца). Гид- родинамические силы в растворе возникают в резуль- тате скольжения одного слоя жидкости относительно другого. Функциональное картирование (Functional cloning) Идентификация гена исходя из известной аминокис- лотной последовательности его продукта. Футпринтинг (Footprinting) Метод идентификации участков ДНК, специфически связывающихся с белка- ми. В его основе лежит защита ДНК в местах контакта с белком от эндонуклеазного расщепления. Хемилюминесценция (Chemituminescence) Испускание света в ходе химической реакции. Химера (Chimera) Организм, включающий клетки, •1к;ши и органы ратных органичен. Хитиназа (Chitinase) Фермент, синтезируемый расте- ниями при заражении патогенными грибами; гидроли- зует хитин клеточной стенки грибов. Хитиназу синте- зируют и некоторые бактерии. Холофермент (НЫоевдуте) Молекула фермента, вклю- чающая все необходимые для функционирования субъединицы и кофакторы. Хромогенный субстрат (Chromogenlc substrate) Вещест- во, приобретающее определенную окраску после рас- щепления специфическим ферментом. Хромосома {Chromosome) Структура, основу которой С1м.тав;шет конденсированная молекула ДНК; носи- тель генетической информации. Способна к воспроиз- ведению с сохранением структурно-функциональной индивидуальности в ряду поколений. У эукариот нахо- дится в ядре клетки, у прокариот — непосредственно в цитоплазме. 564 Словарь терминов Хромосомный сайт интеграции (Chromosomal integration site) Место в хромосоме, куда может встроиться чуже- родная ДНК, часто без всяких последствий для орга- низма-хозяина. Х-сцепленный ген (X linked) Ген, локализованный ис- ключительно на Х-хромосоме. I (.е.шюлоза (Cellulose) Высокомолекулярный линей- ный полиснхарил, состоящий из остатков ß-D-глюко- зы, соединенных (1,4)-связями. Участвует в образова- нии структурного скелета растительных клеток, Целлюлосома (Cellulosome) Многокомпонентный бел- ковый агрегат, присутствующий в клетках некоторых целлюлолитических микроорганизмов и содержащий все ферменты, обеспечивающие полное расщепление целлюлозы. Центрифуги pu ванне в градиенте плотности сахарозы (Sucrose density gradient centrifugal! о n) Метод разлел ε- ι шя макромолекул по форме и размеру, ос нонам ный на различии их коэффициентов седиментации. Циклический AMP, cAMP (Cyclic AMP) Циклический аденозинмонофосфат, соединение, участвующее во многих регуляторных процессах. «Цинковые пальцы» (Zinc fingers) ДНК-связывающие домены, которые включают по два цистеиновых остат- ка и один гистидиновый. Эти аминокислоты взаимо- действуют с ионом цинка, а участок полипептидной цепи между ними образует петлю в форме «пальца». Цнстрон (Cistron) Генетическая единица, эквивалент- ная гену и кодирующая отдельный белок. Цитозмн, С (Cytosine) Одно из четырех азотистых ос- нований, входящее в состав ДНК и РНК. Цитокинины (Cytokinins) Растительные гормоны, ин- дуиируюшие деление клеток. Частота аллеля (Alldic frequency) Отношение встреча- емости одного из аллелей данного локуса к сумме встречаемостей всех аллелей у достаточно большого числа индивидуумов в данной популяции. Частота использования кодона (Codon usage) Сред- няя частота использования кодона данным организ- мом, полученная для большой выборки структурных генов. Частота рекомбинации, рекомбннацнонный индекс (Recombination frequency, recombination index) Число рекомбинантоБ (или рскомГшнатных хромосом) но отношению к общему числу потомков (ил и хромосом). Частота трансформации (Transformation frequency) До- ля клеток в клеточной популяции, получивших чуже- родную ДНК; выражается числом трансформантов к общему числу клеток, Челночный вектор (Shuttle vector) Плазмидная ДНК, способная реплицироваться в клетках двух разных ти- пов (например, в E.cotiи клетках дрожжей). Шанна—Дальгарно последовательность, сайт связыва- ния рибосомы (Shine—Dalgarno sequence, rlbosonte-bind- ing site) Нуклеотидная последовательность на 5 '-кон- це мРНК (обычно AGGAGG), спаривающаяся с комплементарной последовательностью РНК-компо- нента (рРНК) малой субчастицы рибосомы. Штамм (Strain) Культура генетически однородных микроорганизмов. Экюгснная ДНК (Exogenous DNA) ДНК, выделенная из организма-донора и встроенная в вектор или хромосом- ную ДНК организма-хозяина. Называется также чуже- родной (Foreign) и гетерологичной (Heterologous) ДНК. Экзон (Ехоп) Участок гена, входящий в состав первич- ного транскрипта, который остается в нем после про- цессинга (вырезания нитронов). Вместе с другими эк- зонами образует зрелую мРНК. Экзонуклеаза III (Exonuctease III) Экзонуклеаза E.coli, отщепляющая нуклеотиды с З'-концов двухцепочеч- ной ДНК. Экзополисахарид (Exopolysacchartde) Высокополимер- ное соединение, состоящее из остатков Сахаров и сек- ретируемое в окружающую среду некоторыми микро- организмами. Экспрессивность (Expressivity) Степень фенотипиче- ского выражения наследственного признака, кодируе- мого данным аллелем. Различают постоянную экс- прессивность (в отсутствие изменчивости признака) и вариабельную. Экс пресс ирукн ц ии век ι ор ( К xprcssio n vector) Π ла j м и д- ный нсктор, сконструированным тик им образом, что бы клонированный ген экспрессировался только в оп- ределенной фазе клеточного цикла и только в течение определенного времени. Для этого в плазмиду встраи- вают сильный регулируемый промотор. Экспрессия (Expression) Транскрипция и трансляция гена. Электро1юрация(Е1есач)рогаЦоп) Образование пор в кле- точных мембранах под действием электрического тока, Через эти поры в клетки проникает чужеродная ДНК. Словарь терминов 565 Электрофорез (Elcctrophoresis) Метод разделения заря- женных молекул (Д1 IK, PH К или белков), основанный на разной скорости их перемещении в илектрическом ι юле. Элонгация (Klongalion) Последовательное присоеди- нение мономеров к полимерной цепи. Эмбриональные стволовые клетки, ES-клеткн (Embryonic stem cells) Клетки из эмбрионов на стадии бластоци- сты, способные к дифференцировке в любые типы кле- ток, в том числе и в клетки зародышевой линии, при введении в другой эмбрион на стадии бластоцисты. Эндонуклеаэа (Endonuciease) Фермент, гидролизую- щий внутренние фосфодиэфирные связи и расщепля- ющий молекулы ДНК и РНК. Эндонуклеазы участву- ют в рекомбинации, репарации и рестрикции; в последнем случае называются рестриктазами (рестри- цирующими эндонуклеазами). Эндотоксин (Endotoxin) Токсин, не выделяемый клеткой в окружающую среду, а входящий в состав клеточной стенки; многие эндотоксины вырабатыва- ются грамотрицательными бактериями и вызывают воспаление. Энтеротоксин (Enterotoxin) Бактериальный белок, ко- торый, попадая в кишечник, вызывает диарею. Энхансер (Enhancer) Специфический участок ДНК, многократно увеличивающий уровень транскрипции генов, расположенных на той же молекуле ДНК. Эпитоп, антигенная детерминанта (Epitope, antigenk determinant) Часть молекулы антигена, взаимодейст- вующая с антигене вязывающим центром антител или Т-клеточного рецептора. Эрлифтный биореактор (Airlift fermenter) Цилиндриче- ский биореактор, в котором перемешивание осуществ- ляется потоком газа, подаваемого снизу. Этилен (Ethylen) Газ, действующий как раститель- ный гормон. Способствует созреванию плодов, со- хранению цветков, прорастанию семян, образованию корней; участвует в ответе растения на стрессовые воздействия. Эукариоты (Eukaryotes) Организмы, у которых: 1) имеет- ся ядро, где содержатся х[юмосомы; 2) в цитоплазме при- сутствуют различные органеллы — митохондрии, хлоро- пласты и т.д. К эукариотам относятся животные, растения, грибы, некоторые водоросли, «Эффект свидетеля» (Bystander effect) Уничтожение немодифицированных опухолевых клеток цитоток- сичным продуктом, синтезируемым соседними гене- тически трансформированными клетками. Эффективность трансформации (Transformation efficien- cy) Число клеток, получивших чужеродную ДНК, от- несенное к количестну трансформирующей ДНК. Вы- ражается числом трап с фор мантов на 1 мкг ДНК. Эффектор (Effector) Небольшая молекула, связываю- щаяся с репрессором или ферментом и приводящая к их ингибированию или активации. Эффскторные клетки (Effector cells) Клетки иммунной системы, разрушающие антигены. Ядерное клонирование (Nuclear cloning) Получение жи- вого организма из безъядерной яйцеклетки с вживлен- ным диплоидным соматическим ядром. |