Микробиологические факторы
 Скачать 322.5 Kb.
|
|
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 4.2. МЕТОДЫ КОНТРОЛЯ. БИОЛОГИЧЕСКИЕ И МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЕ ФАКТОРЫ Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний Методические указания МУК 4.2.3115—13 ББК 51.9 Л12 Л12 Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний: Методические указания.—М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2014.—39 с. 1. Разработаны Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Е. Б. Ежлова, Ю. В. Демина, Н. В. Шеенков); ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора (В. В. Малеев, Г. А. Шипулин, С. Б. Яцышина); ФГБУ НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н. Ф. Гамалеи Минздрава России (И. С. Тартаковский, И. В. Раковская, Н. А. Зигангирова, Н. В. Каражас, Л. Г. Горина); кафедрой пульмонологии РМАПО ГБОУ ВПО Минздрава России (А. И. Синопальников); НИИ антимикробной химиотерапии ГБОУ ВПО Смоленской ГМА Минздрава России (Р. С. Козлов, С. А. Рачина); ГБОУ ВПО Нижегородской ГМА Минздрава России (В. В. Шкарин, А. С. Благонравова, О. В. Ковалишина); ФБУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии» Роспотребнадзора (М. В. Зароченцев, И. В. Новокшонова). 2. Рекомендованы к утверждению Комиссией по санитарно-эпидемиологическому нормированию при Федеральной службе по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (протокол от 1.08.2013 № 2). 3. Утверждены и введены в действие руководителем Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Главным государственным санитарным врачом Российской Федерации Г. Г. Онищенко 21 октября 2013 г. 4. Введены в действие с момента утверждения. 5. Введены впервые. ББК 51.9 © Роспотребнадзор, 2014 © Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2014 Содержание 1. Область применения 4 2. Термины и сокращения 4 3. Общие сведения о внебольничных пневмониях 5 4. Современные представления об этиологической структуре внебольничных пневмоний 6 5. Материально-техническое обеспечение лабораторных исследований 9 6. Диагностика внебольничных пневмоний 10 6.1. Диагностика пневмококковой пневмонии 10 6.2. Диагностика других бактериальных пневмоний 13 6.3. Диагностика пневмонии, вызванной Mycoplasma pneumoniae 15 6.4. Диагностика пневмонии, вызванной Chlamydophila pneumoniae 18 6.5. Диагностика пневмонии, вызванной Legionella pneumonia 20 6.6. Диагностика пневмонии, вызванной Pneumocystis jiroveci 22 6.7. Диагностика вирусных и вирусно-бактериальных пневмоний 24 6.8. Дифференциальная диагностика с зоонозными заболеваниями, вызывающими поражения легких, и туберкулезом 28 7. Алгоритм диагностики внебольничных пневмоний 28 8. Контроль качества лабораторных исследований 30 9. Требования безопасности 31 Правила получения биологического материала 32 Список литературы 41 УТВЕРЖДАЮ Руководитель Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Главный государственный санитарный врач Российской Федерации Г. Г. Онищенко 21 октября 2013 г. 4.2. МЕТОДЫ КОНТРОЛЯ. БИОЛОГИЧЕСКИЕ И МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЕ ФАКТОРЫ Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний Методические указания МУК 4.2.3115—13 1. Область применения 1.1. Настоящие методические указания обосновывают и определяют методические основы и алгоритмы лабораторной диагностики пневмоний при осуществлении эпидемиологического надзора в отношении внебольничных пневмоний. 1.2. Методические указания предназначены для специалистов органов и учреждений Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, а также могут быть использованы специалистами медицинских организаций и других заинтересованных организаций. 1.3. Методические указания являются обязательными при осуществлении эпидемиологического надзора в отношении внебольничных пневмоний, в ходе проведения противоэпидемических мероприятий и при эпидемиологическом расследовании возможных эпидемических вспышек внебольничных пневмоний. 2. Термины и сокращения ВОЗ – Всемирная организация здравоохранения. ВП – внебольничная пневмония. ЛПО – лечебно-профилактическая организация. МКБ-10 – международная классификация болезней. ОРВИ – острая респираторная вирусная инфекция. ПЦР – полимеразная цепная реакция. ПЦР-РВ – полимеразная цепная реакция в режиме реального времени. РИФ – реакция иммунофлюоресценция. ИФА – иммуноферментный анализ. ИХА – иммунохроматографический анализ. АБТ – антибактериальная терапия. ОРИТ – отделение реанимации и интенсивной терапии. БАЛ – бронхоальвеолярный лаваж. 3. Общие сведения о внебольничных пневмониях Пневмонии – группа различных по этиологии, патогенезу, морфологической характеристике острых инфекционных заболеваний, характеризующихся очаговым поражением респираторных отделов легких с обязательным наличием внутриальвеолярной экссудации. В Международной классификации болезней, травм и причин смерти 10-го пересмотра (МКБ-10, 1992 г.) пневмонии четко обособлены от других очаговых воспалительных заболеваний легких неинфекционного происхождения. Современная классификация пневмоний учитывает прежде всего эпидемиологические условия развития заболевания, особенности инфицирования легочной ткани и состояние иммунологической реактивности организма пациента. По характеру приобретения выделяют внебольничную пневмонию (ВП) и нозокомиальную (внутрибольничную) пневмонию. В последнее время помимо термина «нозокомиальные пневмонии» используют термин более широкого значения – «пневмонии, связанные с оказанием медицинской помощи» (healthcare-associatedpneumonia). К этой категории помимо нозокомиальных относятся пневмонии у лиц, находящихся в домах престарелых или других учреждениях длительного ухода. Следует подчеркнуть, что такое подразделение никак не связано с тяжестью течения заболевания, основным критерием разграничения являются эпидемиологические условия и окружение, при которых развилась пневмония. Однако они, как правило, отличаются от ВП по этиологической структуре возбудителей и профилем антибиотикорезистентности. Под ВП следует понимать острое заболевание, возникшее во внебольничных условиях – то есть вне стационара или позднее 4 недель после выписки из него, или диагностированное в первые 48 ч от момента госпитализации, или развившееся у пациента, не находившегося в домах сестринского ухода/отделениях длительного медицинского наблюдения 14 или более суток, – сопровождающееся симптомами инфекции нижних отделов дыхательных путей (лихорадка, кашель, выделение мокроты, возможно гнойной, боль в грудной клетке, одышка) и рентгенологическими признаками «свежих» очагово-инфильтративных изменений в легких при отсутствии очевидной диагностической альтернативы. В соответствии с формой 2 государственного статистического наблюдения «Сведения об инфекционных и паразитарных заболеваниях» (утвержденная приказом Росстата от 31.12.2010 № 482 «Об утверждении статистического инструментария для организации Роспотребнадзором федерального статистического наблюдения за заболеваемостью населения инфекционными и паразитарными болезнями и профилактическими прививками») в 2012 г. в Российской Федерации было зарегистрировано 493 166 случаев ВП (345,0 на 100 тыс. населения), 3 751 из которых закончились летальным исходом (0,76 % от числа зарегистрированных случаев). Из числа заболевших 65,8 % составляют взрослые, 79,0 % – представлено городскими жителями. Современная классификация ВП, учитывающая состояние иммунологической реактивности организма пациента, позволяет выделить 2 основные группы, предполагающие различия в этиологической структуре пневмоний: – типичная ВП (у пациентов с отсутствием выраженных нарушений иммунитета); – ВП у пациентов с выраженными нарушениями иммунитета (синдром приобретенного иммунодефицита; прочие заболевания или патологические состояния). 4. Современные представления об этиологической структуре внебольничных пневмоний Абсолютное значение этиологической роли того или иного возбудителя ВП можно определить лишь по отношению к конкретному региону, эпидемическому очагу или эпидемиологической ситуации. Более широкие обобщения позволяют выявить основную тенденцию, определяющую значение данного возбудителя в инфекционной патологии человека на основании соответствующего уровня стандартизации и частоты применения методов лабораторной диагностики, а также примерное соотношение ВП, вызываемых основным возбудителем пневмоний – пневмококком и другими возбудителями. По данным отечественных и зарубежных исследователей S. pneumoniae является доминирующим этиологическим агентом пневмоний, вызывая от 30 до 80 % ВП у лиц всех возрастных групп (Покровский В. И. с соавт., 1995; Зубков М. Н., 2002, Cuhna B. A., 2003, Чучалин А. Г., 2006). Среди других типичных бактериальных возбудителей пневмоний заметная этиологическая роль принадлежит H. influenzae, в меньшей степени представителям семейства Enterobacteriaceae (Klebsiellapneumoniae, Escherichiacoli и др.) , Pseudomonasaeruginosa (P.aeruginosa) и St. aureus.Существенное место в этиологии ВП принадлежит группе микроорганизмов (облигатных и факультативных внутриклеточных паразитов), устойчивых к β-лактамным антибиотикам: Mycoplasmapneumoniae, Chlamydophilapneumoniae и Legionellapneumophila, на долю которых в сумме приходится от 8 до 25 % случаев ВП. Достоверная этиологическая диагностика ВП, вызванных данными возбудителями, возможна только при строгом соблюдении современных стандартов лабораторной диагностики (Тартаковский И. С., 2003). В противном случае высока вероятность ложноположительной диагностики для персистирующих микроорганизмов – микоплазм и хламидий и ложноотрицательной – при тяжелых пневмониях легионеллезной этиологии. На фоне увеличения контингентов с тяжелыми дефектами иммунитета (ВИЧ-инфекция, врожденный иммунодефицит, онкогематологические заболевания и др.) за последние годы выросло этиологическое значение таких оппортунистических возбудителей ВП, как Pneumocystis juroveci, цитомегаловирус. С учетом высокого уровня носительства этих возбудителей диагностику соответствующей нозологии следует осуществлять только у контингентов групп риска с использованием современных алгоритмов лабораторных исследований. Понятие «вирусная пневмония» до настоящего времени не нашло широкого применения при постановке диагноза ВП, однако в МКБ-10 выделяют пневмонии, вызванные вирусами гриппа, парагриппа, аденовирусами и другими из группы возбудителей инфекции дыхательных путей. Вместе с тем вирусно-бактериальная этиология ВП достаточно широко известна и описана на фоне эпидемий гриппа и ОРЗ. В отечественный стандарт специализированной медицинской помощи при пневмонии тяжелой степени тяжести с осложнениями включены в качестве нозологических единиц – J10.0 «Грипп с пневмонией» (вирус гриппа идентифицирован) и J11.0 «Грипп с пневмонией» (вирус гриппа не идентифицирован). Вирусные инфекции дыхательных путей тяжелее протекают у детей до 5 лет и пожилых людей (старше 65 лет), что отражается в высоком уровне госпитализаций по поводу пневмоний и летальности среди лиц указанного возраста. В этих возрастных группах чаще регистрируются вирусные и вирусно-бактериальные пневмонии. Во время эпидемий гриппа риск развития пневмонии может увеличиваться для тех возрастных групп, у которых уровень анамнестических антител к циркулирующему в конкретный эпидемический сезон антигенному варианту вируса гриппа ниже защитного, как например, это наблюдалось в случае пандемического гриппа A/H1N1pdm2009 для лиц от 30 до 60 лет. К группам риска развития пневмонии при гриппе также следует относить лиц, страдающих хроническими заболеваниями сердечно-сосудистой системы, нарушениями обмена веществ (ожирение, сахарный диабет), хроническими заболеваниями бронхолегочной системы, и беременных женщин. Этиологическая структура ВП у детей существенно отличается от этиологии ВП у взрослых и варьируется в зависимости от возраста ребенка и тяжести заболевания, что должно учитываться в алгоритме диагностики пневмоний у детей. Группы риска тяжелой пневмонии составляют дети до 5 лет, часто болеющие дети и особенно рожденные на 24—28 неделе гестации. Бактериальные возбудители пневмонии обнаруживаются у 2—50 % детей, чаще у госпитализированных детей, по сравнению с детьми, находящимися на амбулаторном лечении. Наиболее частыми бактериальными возбудителями внебольничных пневмоний у детей старше года считают S. pneumoniae, реже выделяют H. Influenzae тип b, S. pneumoniae является причиной одной трети пневмоний с рентгенологическим подтверждением у детей до 2 лет. В случаях тяжелого течения пневмоний, требующих интенсивной терапии, следуют предполагать инфекцию, вызванную стрептококками группы A или S. aureus, которые обнаруживаются в 3—7 % случаев. Moraxellacatarrhalis обнаруживается от 1,5 до 3,0 % случаев пневмонии у детей. Смешанные вирусно-бактериальные пневмонии диагностируют у детей по разным данным в 8,2—33,0 % случаев, а при учете всех смешанных: бактериальных или вирусно-бактериальных пневмоний у детей, их частота колеблется то 8 до 40 %. Среди пневмококковых пневмоний у детей сочетание с вирусными инфекциями отмечается в 62 % случаев. При ВП у детей необходимо учитывать возможность смешанной бактериально-вирусной инфекции, этиологическое значение хорошо известных и недавно открытых респираторных вирусов: респираторно-синцитиального, метапневмовируса, бокавируса и риновирусов. Различные вирусные возбудители респираторных инфекций обнаруживаются в 30—67 % случаев пневмонии у детей, причем их доля выше у детей младшего возраста (до 80 % случаев от 3 месяцев до 2 лет), и значительно реже встречаются у детей старше 10 лет. M. pneumoniae и C. pneumoniae преимущественно вызывают пневмонии у детей школьного возраста, и не характерны для детей от 1 года до 5 лет. Данные возбудители чаще обнаруживаются во время эпидемических подъемов заболеваемости в очагах инфекции. В эндемичных регионах и по эпидемиологическим показателям при этиологической диагностике ВП необходимо учитывать возможность возникновения зоонозных инфекций, для которых характерны воспалительные процессы в легких (лихорадка Ку, орнитоз, туляремия и др.). Важным элементом обследования больных ВП является исключение этиологической роли возбудителя туберкулеза и других микобактерий. 5. Материально-техническое обеспечение лабораторных исследований 1. Ламинарный бокс 2-го класса биологической безопасности. 2. Микроскоп бинокулярный с осветителем, набором объективов и окуляров. 3. Термостаты электрические для выращивания бактерий, поддерживающие температуру в камере в пределах (37 ± 1) °С. 4. CO2-инкубатор, поддерживающий температуру в камере в пределах (37 ± 1) °С, содержание СО2 на уровне 3—7 % или анаэростат. 5. Дистиллятор. 6. Автоклав электрический. 7. Холодильник, поддерживающий температуру 4—6 °С для хранения культур, биологических субстратов и реагентов. 8. Спиртовки и газовые горелки. 9. Счетчики колоний автоматические и полуавтоматические для подсчета колоний. 10. Одноразовые стерильные контейнеры для сбора и транспортирования мокроты, плевральной жидкости, трахеального аспирата, БАЛ с устойчивым основанием, изготовленные из прозрачного материала (желательно пластика с целью предотвращения поломки, облегчения дезинфекции и утилизации контейнера); крышка должна герметично закрывать контейнеры и легко открываться; контейнер не должен содержать химические вещества, негативно влияющие на жизнеспособность находящихся в мокроте бактерий. 11. Набор реагентов для окраски микропрепаратов по Граму. 12. Питательные среды для культивирования S. pneumoniae (например, кровяной агар, CNA-агар). 13. Питательные среды для культивирования бактерий рода Haemophilus (например, шоколадный агар), грамотрицательных бактерий и S. aureus (агар Эндо, МакКонки, желточно-солевой агар). 14. Чашки бактериологические (Петри) для выращивания микробиологических культур. 15. Стекла предметные и покровные стандартных размеров для микропрепаратов. 16. Штативы и подносы для пробирок и контейнеров, транспортирования чашек Петри, кюветы и штативы-рельсы для фиксации и окрашивания мазков. 17. Петли бактериологические. 18. Дозаторы переменного объема полуавтоматические. 19. Наконечники стерильные для дозаторов переменного объема. 20. Шпатели Дригальского стерильные. 21. Посуда мерная лабораторная стеклянная. 22. Пипетки пластиковые пастеровские для стандартизации объема и переноса жидкостей. 23. Стандарт мутности по МакФарланду или прибор для определения концентрации бактериальных клеток. 24. Диски с антибиотиками (оптохин, оксациллин, цефокситин и др.). 25. Иммуноферментный анализатор в комплекте. 26. Люминесцентный микроскоп в комплекте. 27. Оборудование для ПЦР-лаборатории, укомплектованной в соответствии с МУ 1.3.2569—09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I—IV групп патогенности». 28. Диагностические наборы реагентов (тест-системы) для выявления антигенов и ДНК/РНК возбудителей пневмоний, а также специфических антител к возбудителям пневмоний, разрешенные к применению в Российской Федерации в установленном порядке. |