Что такое белок
 Скачать 4.27 Mb.
|
|
3D-структура белков (введение во введение и повторение школьных знаний) А.Б.Рахманинова, Д.А.Равчеев, 2009 Что такое белок?Белок – линейный гетерополимер, мономерами которого являются L--аминокарбоновые кислоты L-аланин Пептидная связьПептидные связи Остаток 1 Остаток 3 Остаток 2 Пептидная связьПептидная связь прочнее, чем другие амиды Атомы пептидного звена ( C-C-N- C) лежат в одной плоскости Валентные углы у атомов С и N примерно равны 120 Вращение вокруг связи C-N затруднено Возможны cis- и trans-конфигурации; в белках преобладают trans Карбонильный кислород – хороший акцептор водорода,
Двугранные (торсионные) углыДвугранные (торсионные углы)Могут принимать значения от –1800 до +1800 BD совмещается с BA поворотом против часовой стрелки BD совмещается с BA поворотом по часовой стрелке Построим проекции всех связей на плоскость, перпендикулярную связи В-С - ? теоретически: от –180О до +180О Карта Рамачандрана:даже в полиглициновой цепи существуют стерические ограничения Карта запрещенных ( ) конформаций глицина Уровни организации структуры белка
Вторичная структура Укладка (fold) Третичная структура Четвертичная структура Первичная структураПервичная структура – это аминокислотная последовательность: Met-Ala-Gly-Trp-Ala-Val-Asp…….. Вторичная структураВторичная структура белка – это упорядоченные расположения атомов основной цепи полипептида, безотносительно к типам боковых цепей (групп) и их конформациям. Если упорядоченность такова, что двугранные углы одинаковы у всех остатков, то говорят о регулярной вторичной структуре. Регулярными вторичными структурами являются спирали и – структуры. Пример нерегулярной вторичной структуры – –поворот (–изгиб, реверсивный поворот). Вторичная структураЛюбую регулярную структуру можно представить в виде линейной группы, т.е. спирали. Спираль можно описать с помощью следующих параметров: d – смещение вдоль оси, в расчете на 1 элемент (атом С), r – расстояние от С–атома до оси, n – число элементов на один виток спирали, хиральность (направление закрутки) определяется знаком , «+» - правозакрученные структуры, «-» – левозакрученные. /Г.Шульц, Р.Ширмер «Принципы структурной организации белков»/ Регулярные вторичные структурыУкладка (fold)Укладкой называют организацию в пространстве элементов регулярной вторичной структуры -спиральные белки -структурные белки/-белкиПример белка с двумя разными структурными доменами куеукеуекекуеукеуеке Третичная структураТретичной структурой называют расположение в пространстве всех атомов одной полипептидной цепи. Т.о. описание третичной структуры включает в себя
Третичная структураТретичной структурой называют расположение в пространстве всех атомов одной полипептидной цепи. Т.о. описание третичной структуры включает в себя
Гидрофобные взаимодействия – главный фактор, заставляющий глобулу свертываться4,0 Å Вспомогательные взаимодействия: водородные связи3,5 Å Ионные пары3,1 Å Дисульфидные мостики характерны для секретируемых белков |