|
|
статья. иммунка. Многие распространенные и редкие варианты, связанные с гематологическими признаками, были обнаружены путем вменения на крупномасштабных контрольных панелях
Результаты
Результаты ассоциации с однонуклеотидным вариантом
У 61 802 многоэтнических индивидуумов (33 285 EA, 14 246 AA, 13 585 HA и 686 EA; Таблица S1) мы провели общегеномные ассоциативные тесты для каждого однонуклеотидного варианта (SNV) или малой вставки-делеции (indel) с MAC > 5 для
109 563 748 ассоциативных тестов (таблица S2) с 6 различными фенотипами (общее количество лейкоцитов, нейтрофилов, моноцитов, лимфоцитов, базофилов и эозинофилов).
По этим признакам мы наблюдали 6 993 статистически значимых ассоциации (р < 5 * 10-8 ). Проверка графиков QQ и коэффициентов геномной инфляции показала хорошо откалиброванные распределения значений p (рисунки S3-S14). Чтобы определить, представляют ли какие-либо из этих значимых локусов новые ассоциации для признаков, связанных с количеством лейкоцитов, мы провели общегеномный анализ, основанный на всех известных локусах, связанных с количеством лейкоцитов (см. материал и методы; Таблица S3). После условного анализа мы наблюдали 165 статистически значимых ассоциаций при общегеномном пороге 5 3 108 (таблица S4), включающих 18 независимых локусов (которые находились на расстоянии не менее 500 кб друг от друга), о которых ранее не сообщалось (таблица S5). Чтобы повторить результаты условного анализа, мы провели поиск в независимых выборках из пяти различных источников, представляющих самоидентифицирующиеся группы европейцев и европейскоамериканцев, испаноязычных американцев и афроамериканцев в количестве до 199 126 человек (см. Материал и методы). Из 21 независимой ассоциации (в 18 локусах), которые были представлены для репликации, семь сигналов были надежно воспроизведены (т.е. они соответствовали следующим критериям: (1) согласованное направление эффекта между оценкой эффекта обнаружения и оценкой эффекта репликации, проанализированной метаанализом; (2) значение p < 0,05 в по крайней мере, в одной когорте репликации; и (3) значение p < 0,05 во всех мета-проанализированных когортах репликации) в HBB, NRIP1, CSF2RA, S1PR3, NPHP3 и OPCML или вблизи них (таблица 1). Несколько реплицированных вариантов свинца показали большие различия в частоте аллелей между популяциями (таблица S5). В частности, варианты свинца HBB и S1PR3 встречаются почти исключительно у лиц африканского происхождения.
HBB
При HBB на хромосоме 11 (рисунок 1 A) мы наблюдали связь между более низким количеством лимфоцитов и миссенс-мутацией (rs334 [p.Glu6Val]), вызывающей африканскую серповидно-клеточную анемию (β = -0,237, p = 2,76 × 10-20). Была номинальная ассоциация варианта rs334 с серпом с повышенным количеством нейтрофилов (β = 0,225, p = 4,83 × 10-6) и никакой связи с общим количеством лейкоцитов (таблица S6). Связь с процентным содержанием лимфоцитов (т. Е. Количество лимфоцитов / общее количество лейкоцитов) также была сильной (β = -0,030, p = 2,12 × 10-25), как и связь с процентным содержанием нейтрофилов (β = 0,032, p = 1,59 × 10-21) (Таблица S7). Достоверный набор с точным отображением 95% для подсчета лимфоцитов содержал только вариант индекса, rs334, и PIP = 0,999 (таблица S8).Исключение очень небольшого числа гомозиготных особей rs334 (n = 9) не изменило связь с количеством лимфоцитов или процентом нейтрофилов, что позволяет предположить, что эти ассоциации не обусловлены изменением иммунной реакции или воспалением у лиц с серповидно-клеточной анемией. Исследуя подгруппу из 3400 афроамериканцев из JHS, мы также продемонстрировали, что дополнительная корректировка ковариации для других известных признаков, связанных с серповидно-клеточными или воспалительными признаками (эритроцитарные индексы, функция почек, D-димер), существенно не изменила ассоциацию rs334 с количеством лимфоцитов (таблица S9), предполагая, что ассоциация лимфоцитов не опосредована этими другими фенотипами. В меньшей подгруппе из 1458 индивидуумов JHS TOPMed с пропорциями лимфоцитов и иммунных клеток подтипа, оцененных по данным метилирования в масштабах всего генома, гетерозиготность мутации серповидно-клеточного гена rs334 была специфически связана с более низкими оценочными уровнями CD8 + Т-лимфоцитов и NK-клеток (таблица S10).
Интересно, что в положении нуклеотида, смежном с rs334, мы наблюдали ассоциацию африканского варианта HBB rs33930165 (кодирующего гемоглобин C или p.Glu6Lys) как с более высоким общим количеством лейкоцитов (β = 0,672, p = 8,81 × 10-12), так и с более высоким количеством лимфоцитов (β = 0,351, p = 4,71 ×10-14). Ассоциации миссенс-варианта HBB rs33930165 с более высоким общим количеством лейкоцитов и лимфоцитов согласуются с предыдущим анализом, проведенным у n = 21 513 афроамериканцев, отнесенных к контрольной группе TOPMed freeze 5b.
Различные фенотипические закономерности связи между количеством лейкоцитов между rs334 и rs33930165 в текущем анализе TOPMed приведены в таблице S6. Мы также провели анализ двух SNP-гаплотипов rs334 и rs33930165 как с лейкоцитами, так и с лимфоцитами (таблица S12). Анализ гаплотипов соответствовал результатам однофакторной ассоциации в таблице S4 (i.e., с обнаружением, что аллель T в rs33930165 увеличивает количество лейкоцитов, а аллель A в rs334 уменьшает количество лимфоцитов). Следует отметить, что как rs334, так и rs33930165 имеют очень низкий LD (rsq < 0,001) и присутствуют на разных гаплотипах в TOPMed (таблица S13), что согласуется с предыдущими эволюционными и популяционными генетическими данными. Оба варианта поддерживаются на относительно высоких частотах среди популяций, таких как в странах Африки к югу от Сахары, где малярия является эндемичной, но географическое и популяционное распределение и эволюционная история аллелей вариантов rs334 гемоглобина S и rs33930165 гемоглобина C.
Для дальнейшего изучения механизма ассоциаций при HBB мы сначала оценили взаимосвязь между rs334 и другими потенциальными генами, связанными с иммунным ответом, в геномной области. Хотя существует несколько генов, индуцируемых вирусом, индуцируемым интерфероном 1 типа, расположенных примерно на 400 кб центромернее HBB на хромосоме 11, мы не обнаружили доказательств физического взаимодействия междуHBB и этих соседних генов, когда мы использовали доступные наборы данных захвата промоторов в соответствующих типах клеток крови (с помощью инструмента HUGIN), ни каких-либо доказательств влияния rs334 на экспрессию генов (eQTL) в цельной крови, когда мы использовали GTEx v8. Следует отметить, что последний анализ eQTL может быть ограничен небольшим количеством образцов афроамериканцев. Интеграция дополнительной функционально-геномной информации через базы данных аннотаций FATHMM, FANTOM5 и Roadmap не выявила доказательств цис-регуляторной роли rs334 (таблица S11). Затем мы провели протеомный анализ генотипа rs334 с использованием ≈ 1300 белков плазмы, измеренных у афроамериканцев и латиноамериканцев из когорты MESA и 2045 афроамериканцев из когорты JHS (таблица S12).). Уровни циркулирующих нескольких эритроцитов (эритроцитов) (плазменный гемоглобин, эритропоэтин и эфрин В2) и марганцевых белков, связанных с функцией почек (цистатин С и β2-микроглобулин), были значительно выше или ниже (тестикан-2) среди носителей аллеля rs334 (скорректированное по Бонферрони значение p < 3,78 × 10-5). Кроме того, несколько других белков, связанных с воспалительной реакцией и активацией лимфоцитов или передачей сигналов (fractalkine / CX3CL1, sTNFsRII и CD59) или ответом на вирусную инфекцию (CD59 и тестикан-2) были значительно выше среди носителей варианта rs334.
NRIP1
Два интронных варианта белка, взаимодействующего с ядерными рецепторами (NRIP1) (рис. 1b, рис.1c), были связаны с количеством моноцитов (rs28574812, β = -0,011, p = 1,54 ×10-10) и общим количеством лейкоцитов (rs2823002, β = -0,079, p =3,75×10-8). Наблюдалась более слабая связь между rs28574812 и процентным содержанием моноцитов (β = -7,75 × 10-4, p = 2,36 × 10-4) (таблица S7). Варианты rs28574812 и rs2823002 имеют сильную LD у европейцев, но сильно различаются между африканскими и неафриканскими популяциями. В 1000 геномах йоруба (YRI) западноафриканской популяции rs28574812 не имеет других SNP при сильном LD (rsq> 0,8). Анализ двух SNP-гаплотипов, включающих rs28574812 и rs2823002, подтверждает, что минорные аллели двух SNV чаще встречаются вместе у лиц европейского происхождения. Кроме того, анализ ассоциации гаплотипов показывает, что два гаплотипа, содержащие аллель rs28574812 варианта G, каждый из которых связан с меньшим количеством моноцитов, тогда как два гаплотипа, содержащие аллель rs2823002 варианта T, каждый из которых связан с меньшим количеством лейкоцитов (таблица S15). Это предполагает аллельную гетерогенность в этом локусе и то, что разные аллели могут быть ответственны за фенотипические ассоциации моноцитов и общего количества лейкоцитов. Результаты ассоциации гаплотипов также согласуются с нашими результатами точного картирования, которые указывают на разные варианты причинности для каждого сигнала: 95% достоверный набор для локуса, представленного rs28574812, содержал 6 вариантов (таблица S8), а PIP для rs28574812 составлял 0,422; 95% достоверный набор для локуса, представленного rs28574812.rs2823002 содержал 55 вариантов (таблица S8), а PIP для rs2823002 составлял 0,611.
Механизм ассоциации интронного варианта NRIP1 с гематологическими признаками не сразу очевиден. Белок (RIP140), кодируемый NRIP1, взаимодействует с гормонозависимыми доменами ядерных рецепторов и, как известно, модулирует транскрипционную активность рецептора эстрогена (ESR1).Это ключевой регулятор экспрессии генов посредством взаимодействия с ядерными рецепторами, факторами транскрипции и другими корегуляторами, каждый из которых действует либо как коактиватор, либо как корепрессор. Версия GTEx 8 не сообщала ни о вариантах rs28574812, ни rs2823002 как о статистически значимом eQTL. Данные Консорциума Roadmap Epigenomics указывают на эксперименты по иммунопреципитационному секвенированию с повышенным содержанием гистонового хроматина (ChIP-seq), ацетилированные на H3K4me3 и H3K9ac в нескольких типах клеточных линий (таблица S11). Сообщалось, что RIP-140 играет роль в переключении макрофагов между классическим подтипом M1 и альтернативным подтипом M2 и в эпигенетической чувствительности моноцитов к витамину D, оба из которых важны для врожденного иммунитета и воспалительных заболеваний. Исследование области NRIP1 с помощью феносканера и каталога общегеномного ассоциативного исследования (GWAS) показывает, что отдельный миссенс-вариант NRIP1 rs2229742 (распространенный только в EUR) был связан с уровнем гемоглобина, количеством эритроцитов, систолическим артериальным давлением, уровнем витамина D, весом при рождении и близорукостью. Кроме того, сигнатуры экспрессии гена NRIP1 могут предсказать выживаемость при хроническом лимфолейкозе.
CLRF2-CSF2RA-IL3RA
Анализ хромосомы X обнаружил связь между rs28532112 и более низким количеством эозинофилов (β = -0,009, p = 1,08 × 10-11) в межгенной области между цитокиновым рецептором-подобным фактором 2 (CLRF2) и областью ≈ 20 кб выше по течению от субъединицы альфа-рецептора колониестимулирующего фактора 2 (CSF2RA), расположеннойв псевдоаутосомной области (PAR1) хромосом X и Y (рисунок 1d). Связь между rs28532112 и процентным содержанием эозинофилов была столь же сильной (β = -0,0013, p = 5,56 × 10-12) (таблица S7). Достоверный набор на 95% для этого локуса содержал 7 вариантов (Таблица S8), а PIP для rs28532112 составил 0,324. Этот регион содержит гены, кодирующие три родственных рецептора цитокинов: CRLF2 (рецептор для TSLP), CSF2RA (рецептор колониестимулирующего фактора 2 (CSF-2) или GM-CSF) и IL3RA (рецептор для IL-3), все из которых участвуют в регуляциикроветворение и воспалительные реакции 2 типа, включая выработку и функцию эозинофилов. Вместе с рецептором интерлейкина 7-альфа CRLF2 и TSLP активируют STAT3 и STAT5, которые поляризуют дендритные клетки для индукции воспалительных цитокинов 2-го типа (IL-4, IL-5 и IL-13) и непосредственно расширяют и / или активируют Th2-клетки, врожденные лимфоидные клетки 2-й группы, эозинофилы и базофилы. CSF2RA кодирует альфа-субъединицу гетеродимерного рецептора для GM-CSF, цитокина, который контролирует выработку, дифференцировку и функцию гранулоцитов и макрофагов. IL3RA кодирует специфичную для IL-3 альфа-субъединицу гетеродимерного рецептора IL-3.
В версии 8 GTEx rs28532112 был eQTL, связанным с соседним IL3RA (p = 4,8 × 10-9) в ткани щитовидной железы и с CSF2RA в цельной крови (p = 1,8 × 10-6), что позволяет предположить либо IL3RA, либо CSF2RA в качестве потенциальных причинных генов в этом локусе. Дополнительная функциональная геномная аннотация с базами данных FATHMM, FANTOM5 и Roadmap не выявила дополнительных регуляторных особенностей для rs28532112 (таблица S11). Далее мы провели целевой анализ количественного определения белков плазмы генотипа рецепторов и лигандов IL-3, GM-CSF и TSLP, используя доступные данные SOMAscan от 2544 афроамериканцев и испаноязычных / латиноамериканцев из образцов JHS и MESA TOPMed. Из 5 белков, измеренных в панели SOMAscan, не было обнаружено существенной связи между rs28532112 и концентрациями IL-3, растворимого IL3R-альфа, TSLP, рецептора TSLP или GM-CSF (все с поправкой на Бонферрони, p> 0,05). Альфа-рецептор GM-CSF не является одним из белков, включенных в платформу SOMAscan, но он был измерен с помощью отдельной панели Olink PEA в 1328 многонациональных образцах TOPMed WHI когортной группы. В образцах WHI TOPMed не было обнаружено доказательств связи между генотипом rs28532112 и уровнями альфа-рецептора GM-CSF в плазме (β = -0,024, p = 0,47).
S1PR3
На хромосоме 9 (рисунок 1 E) мы идентифицировали специфичный для Африки (MAF = 0,129) вариант rs28450540, связанный с более низким количеством моноцитов (β = -0,035, p = 5,18 × 10-17). Связь между rs28450540 и процентным содержанием моноцитов была столь же сильной (β = -0,004, p = 5,81 × 10-12) (таблица S7). Достоверный набор 95% для этого локуса содержал 6 вариантов (таблица S8), а PIP для rs285450540 составлял 0,330. Вариант rs28450540 расположен на 100 кб выше по течению от S1PR3, где соседний SNP (rs567880204) недавно был связан с количеством моноцитов (LD между этими двумя SNP был низким при AAs; rsq = 0,03). Широко сообщалось о более широкой области вблизи S1PR3 и был связан с рядом различных признаков клеток крови у лиц европейского происхождения; такие признаки включали количество моноцитов, общее количество лейкоцитов, количество лимфоцитов и количество тромбоцитов. Ранее сообщенные сигналы вблизи S1PR3 включают миссенс-вариант S1PR3, связанный с более высоким количеством моноцитов. Однако, на основе наших условных анализов, специфичная для Африки ассоциация rs28450540 с количеством моноцитов, по-видимому, не зависит от этих известных сигналов, что усугубляет и без того сложную аллельную гетерогенность в этом локусе. Хотя GTEx содержит очень мало образцов афроамериканцев, rs28450540, по-видимому, является eQTL для S1PR3 (p = 2,9 × 10-5) в цельной крови. Функциональная аннотация предполагает, что этот вариант находится в предполагаемом энхансере (таблица S11) в ряде различных первичных клеток и клеточных линий человека, в том числе кроветворного происхождения.
S1PR3 кодирует один из пяти рецепторов, связанных с G-белком, которые опосредуют биологические эффекты сфингозин-1-фосфата (S1P), хемоаттрактанта для различных клеток крови и иммунной системы.
Градиент S1P, поддерживаемый между кровью и другими кроветворными тканями (например, костным мозгом и лимфатическими узлами тимуса), является важным механизмом транспортировки крови и иммунных клеток. У мышей с дефицитом S1pr3 наблюдаются дефекты в наборе лейкоцитов и зависящем от P-селектина свертывании лейкоцитов, что позволяет предположить, что S1PR3 опосредует хемотаксический эффект S1P при наборе моноцитов и макрофагов, полученных из костного мозга, во время воспаления, что может повлиять на количество циркулирующих моноцитов. Кроме того, S1PR3 высоко экспрессируется на гемопоэтических стволовых и прогениторных клетках (HSPCs) и может влиять на выход HSPCs из костного мозга.
NPHP3
Интронный вариант (rs62292471) на хромосоме 3 (рисунок 1f) в NPHP3 был связан с увеличением общего количества лейкоцитов (β = 0,114, p = 1,07 × 10-8). 95% достоверный набор для этого локуса содержал 33 варианта (таблица S8), а PIP для rs62292471 составлял 0,150. GTEx версии 8 сообщает rs62292471 как eQTL для NPHP3 в культивируемых фибробластах и в сердечной, жировой, легкой, пищеводной и мышечной ткани и как eQTL для DNAJC13 в жировой, пищеводной и мышечной ткани. Вариант расположен в области энхансера ENCODE distal (таблица S11). ДругойИнтронный вариант NPHP3, rs572076167 (не в 1000 геномах), был связан с концентрацией эритроцитарного среднего корпускулярного гемоглобина (MCH), в то время как rs17348614 был связан с более низким MCH и средним корпускулярным объемом (MCV). Мутации с потерей функции в NPHP3 вызывают врожденное кистозное заболевание почек - нефронофтизис (NPH). Из других генов, расположенных в пределах окна размером 1 Мб, окружающего NPHP3, единственным геном, имеющим биологическую связь с клетками крови, является ACKR4, который кодирует рецептор хемокина, который связывается с активируемыми дендритными клетками и Т-клетками хемокинами, включая CCL19, CCL21 и CCL25. ACKR4 принадлежит к семейству атипичных рецепторов хемокинов, которые включают DARC, который содержит хорошо охарактеризованный вариант промотора потери функции (rs2814778), который является основным генетическим фактором, определяющим лейкоцитарные лейкоциты и количество нейтрофилов в популяциях африканского происхождения. Поглощая хемокины, ACKR4 регулирует транспортировку дендритных клеток в лимфатические узлы во время воспаления.
OPCML
Мы наблюдали 3-базовый indel (rs79353195) в интроне OPCML (рисунок 1 G), связанный со снижением общего количества лейкоцитов (β = -0,135, p = 4,00 × 10-9) со скромными признаками репликации (p = 0,0159). 95% достоверный набор для этого локуса содержал 48 вариантов (таблица S8), а PIP для rs79353195 составил 0,868. Этот вариант, по-видимому, сильно стратифицирован в популяциях с MAF = 0,53 в EAS, MAF = 0,26 в SAS, MAF = 0,06 в AA и MAF = 0,05 в популяциях EA. OPCML - это крупный ген, который кодирует опиоидсвязывающий молекулу клеточной адгезии, подобный препротеину, член семейства белков иммуноглобулина IgLON, который высоко экспрессируется в головном мозге. Дефекты в OPCML являются причиной восприимчивости к раку яичников (MIM: 167000). Очевидной связи этого локуса с клетками крови или воспалением нет.
Результаты ассоциативных тестов для совокупности редких вариантов
Чтобы улучшить способность обнаруживать ассоциации с редкими вариантами, мы внедрили несколько стратегий агрегирования вариантов и тестирования на кумулятивные ассоциации группировок на основе генов с признаками (см. Материалы и методы). При этом мы обнаружили статистически значимые (p < 2,76 × 10-6) ассоциации в четырех разных генах (таблица 2): MARCKSL1 (p = 2,98 × 10-7), TET2 (p = 6,21 × 10-9), FLT3 (p = 8,96 × 10-7) и CNKSR2 (p = 2,46 × 10-6). Анализ репликации в независимых образцах из UKBiobank (p = 2,42 × 10-18) и ИНТЕРВАЛЬНЫЕ (p = 0,0003) исследования подтвердили ассоциации наFLT3. Анализ соответствующих пропорций подтипов WBC соответствовал этим результатам (таблица S16).
TET2 кодирует фермент деметилирования и эпигенетический регулятор это играет важную роль в обновлении HSPC, приверженности линии и дифференцировке моноцитов. Ассоциация TET2 с количеством моноцитов была распространена на 72 редких варианта кодирования (рисунок S1). Поскольку TET2 является известным геном-драйвером клонального кроветворения с неопределенным потенциалом (CHIP), миелоидных и лимфоидных злокачественных новообразований, мы сравнили наши редкие варианты TET2 с теми, о которых сообщается как о соматических мутациях или которые появляются в базе данных COSMIC. Действительно, мы обнаружили, что большинство вариантов (53 из 72 вариантов), включенных в наш совокупный редкий вариант теста на TET2, также были зарегистрированы как соматические в TOPMed, и эти мутации в значительной степени обусловили ассоциацию с более высоким количеством моноцитов (рисунок S1). Эти результаты дополнительно подтверждаются недавним наблюдением, что соматические мутации TET2 обычно обнаруживаются у лиц, направляемых в гематологическую службу для оценки моноцитоза. Напротив, сообщения о вариантах потери функции зародышевой линии TET2, связанных с гематологическим заболеванием, довольно редки.
FLT3 кодирует рецепторную тирозинкиназу, которая регулирует раннее кроветворение, а также развитие моноцитов и дендритных клеток. Соматические варианты FLT3 обычно обнаруживаются у людей с острым миелоидным лейкозом (ОМЛ) и обычно состоят из мутаций усиления функции, включающих либо внутренние тандемные дупликации юкстамембранного домена FLT3, либо точечные мутации, расположенные в домене тирозинкиназы, оба из которых приводят к конститутивной активации рецептора FLT3. Поскольку некоторые соматические мутации TET2 явно прошли контроль качества для вариантов зародышевой линии, мы также проверили, были ли редкие варианты, способствующие сигналу FLT3, соматическими. База данных COSMIC выявила некоторые доказательства совпадения редких вариантов TOPMed в FLT3, однако предположительно соматические мутации (12 из 65 вариантов), которые способствовали ассоциации FLT3, по-видимому, не повлияли на результат (рисунок S2). Это наблюдение согласуется с недавним открытием, что распространенные и низкочастотные генетические варианты зародышевой линииFLT3 связаны с количеством моноцитов, а также с риском аутоиммунных заболеваний. Интересно, что несколько редких миссенс-вариантов FLT3, определяющих связь с количеством моноцитов в TOPMed, расположены в доменах юкстамембраны или тирозинкиназы, которые также являются наиболее распространенным местом соматических мутаций FLT3, обнаруживаемых при раке человека.
Результаты тестов на ассоциацию в масштабах всего феномена
Локусы, связанные с признаками лейкоцитов, часто плейотропно вовлечены в аутоиммунные, аллергические, инфекционные и другие заболевания, связанные с кровью. Поэтому мы дополнительно оценили, связаны ли какие-либо другие недавно выявленные варианты, связанные с признаками, связанными с количеством лейкоцитов, с исходами клинических заболеваний, используя комбинацию существующих баз данных GWAS и PheWAS, а также оценку локуса PAR Х-хромосомы и агрегированных редких вариантов FLT3 в наборах данных на основе WGS.
Большинство наших недавно обнаруженных аутосомных локусов, связанных с признаками, определяемыми количеством лейкоцитов, S1PR3, NRIP1, NPHP3, HBB и OPCML, непропорционально влияют на людей африканского происхождения. Поэтому, в дополнение к большому, но евроцентричному UKBiobank (UKBB), мы использовали данные о генотипе и фенотипе PheWAS из более разнообразного биобанка на базе BioVU EHR в Медицинском центре Университета Вандербильта. К последним относятся афроамериканцы, генотипированные на массиве Illumina MEGA, отнесенные к эталонным геномам гаплотипа Reference Consortium (HRC). Для оценки HBB rs334 в BioVU мы исключили гомозиготных индивидуумов из-за известной взаимосвязи серповидно-клеточной анемии (SCD) с клиническими исходами. Для вариантов индекса, связанных с признаками, связанными с подсчетом лейкоцитов S1PR3, NRIP1 и OPCML, мы не обнаружили доказательств значимой связи с исходами заболевания ни в UKBB, ни в BioVU, тогда как вариант индекса NPHP3 показал пограничную связь с инфарктом миокарда (таблица S17). В афроамериканских PheWAS BioVU гетерозиготность по rs334 была связана с несколькими диагностическими кодами, связанными с гемолитической анемией, но не с какими-либо иммунными или инфекционными заболеваниями (таблица S17).
Эозинофилы классически ассоциируются с воспалением 2-го типа и являются одним из признаков аллергических заболеваний, таких как астма и БА. Подгруппа субъектов с ХОБЛ также может быть обогащена циркулирующими эозинофилами. Поскольку инструмент поиска UKBiobank PheWAS был ограничен аутосомами, мы специально протестировали локус Х-хромосомы выше по течению от CSF2RA и его связь с этими тремя заболеваниями в вмененном наборе данных GWAS UKBB (таблица S18).). Мы обнаружили значительную связь с астмой в UKBB (отношение шансов [OR] = 0,94, p = 3,52 × 10-6); примечательно, что ассоциация соответствует ожиданиям, то есть аллель, который уменьшает количество эозинофилов в нашем открытии, также связан со снижением риска развития астмы. У UKBB не наблюдалось никаких ассоциаций с ХОБЛ или БА.
Учитывая доступность нескольких групп с заболеваниями легких TOPMed с данными об астме, ХОБЛ и функции легких, мы расширили наш поиск этого варианта в следующих исследованиях TOPMed: BAGS для астмы, SARP для тяжести астмы и ARIC, CHS, FHS, JHS, MESA, COPDGene и EOCOPD дляфункция легких и ХОБЛ (таблица S18). У 20 000 многонациональных людей, rs28532112 не выявил связи со спирометрическими показателями функции легких (ОФВ1, ФЖЕЛ или ОФВ1: соотношение ФЖЕЛ). Была номинальная связь с ХОБЛ (р = 0,025) и тяжелой ХОБЛ (р = 0,036), но парадоксальным образом минорный аллель, связанный с более низким количеством эозинофилов, был связан с большим риском ХОБЛ (OR = 1,09). В исследовании астмы BAGS не было выявлено связи rs28532112 с астмой (p = 0,91), и не было отмечено никаких ассоциаций с тяжестью астмы в исследовании SARP TOPMed (p = 0,944 у 393 экспертов, p = 0.144 в 218 AA); однако мы должны отметить, что эти две группы астматиков были недостаточно развиты и, скорее всего, не смогли воспроизвести ассоциации, отмеченные для астмы в UKBB. Учитывая небольшой размер выборки с определением фекода AD в UKBB, мы также воспользовались данными WGS, доступными в ADRN, где углубленное фенотипирование могло бы помочь преодолеть гетерогенность, возможную в UKBB. В образцах ADRN мы обнаружили, что rs28532112 был связан с AD (OR 0,63; p = 0.008), и снова ассоциация была такой, как и ожидалось, то есть аллель, который уменьшает количество эозинофилов в нашем открытии, также был связан со снижением риска развития БА.
Поскольку низкочастотный вариант FLT3, связанный с количеством моноцитов (rs76428106), недавно был связан с аутоиммунным заболеванием щитовидной железы (AITD), мы использовали полноэкзомное секвенирование, чтобы изучить, были ли агрегированные редкие варианты FLT3 связаны с AITD среди 200 000 особей UKBB. Среди 6 686 лиц, страдающих от AITD, и 179 346 человек без AITD не было никаких доказательств связи ни с бременем (p = 0,81), ни с тестом на ассоциацию ядра последовательности (p = 0,38). Однако из-за относительно небольшого числа случаев в UKBB отсутствие ассоциации может быть связано с низкой статистической мощностью. |
|
|
Скачать 55.9 Kb.